Sử sách ghi lại rằng khi Ngài mới sinh ra đã có dung mạo của bậc thánh nhân, thể chất hoàn hảo, thần khí tươi sáng, sắc thái như vàng ròng, nên được vua cha đặt cho tên hiệu là Phật Kim.

Lớn lên, năm 16 tuổi, Ngài được lập làm Hoàng Thái tử vào năm Giáp Tuất - 1274. Trong cùng năm đó, Ngài đã kết duyên cùng công chúa Quyên Thanh, là trưởng nữ của Hưng Đạo Đại Vương. Vua Trần Thánh Tông đã mời các bậc trưởng lão tinh thông Nho giáo, Tứ thư, Ngũ kinh và Phật giáo để dạy dỗ cho Ngài như Lê Phụ Trần, Nguyễn Thánh Huấn, Nguyễn Sĩ Cố… Chính Vua cha đã soạn sách Di Hậu Lục để dạy cho Thái tử cách xử thế chuẩn bị nối nghiệp sau này nên Ngài đã trở nên tinh thông cả Tam giáo.

Về Phật pháp, Ngài theo học đạo với Tuệ Trung Thượng sĩ, và được Thượng sĩ hết lòng hướng dẫn, trao truyền những yếu nghĩa thiền tông. Ngài đã ngộ ra chân lý đạo màu khi đọc lời dạy: “Phản quan tự kỷ bổn phận sự, bất tùng tha đắc” (dịch nghĩa là: Quan sát lại chính mình đó là bổn phận, không do người khác làm được). Ngài tôn thờ Tuệ Trung Thượng sĩ làm thầy, và thường tới chùa Tư Phúc trong kinh thành Thăng Long để tụng kinh, tọa thiền, sám lễ Tam bảo, thấu đạt cả nội điển và ngoại điển.

Năm Mậu Dần - 1278, khi vừa tròn 20 tuổi, Hoàng Thái tử Khâm được Vua Trần Thánh Tông truyền ngôi xưng là Hoàng đế, hiệu là Hiếu Hoàng. Năm sau, 1279 Đức vua Trần Nhân Tông đổi niên hiệu là Thiệu Bảo. Kế tục sự nghiệp của các Tiên đế nhà Trần, Đức vua đã thi hành nhiều chính sách khoan hòa, thân dân, lấy đức mà trị vì Đại Việt, chăm lo cho dân chúng, xây dựng quốc gia hòa bình, thịnh trị.

Khi giặc Nguyên - Mông xâm chiếm Đại Việt, năm 1282, Ngài chủ trì hội nghị Bình Than để lấy ý kiến của toàn quân, toàn dân Đại Việt đoàn kết chống giặc ngoại xâm. Sau đó, Ngài đã trực tiếp lãnh đạo quân dân Đại Việt hai lần chiến thắng giặc Nguyên - Mông vào các năm 1285 và 1288. Hào khí Đông A quật cường chiến thắng, Ngài đã cảm hứng bằng hai câu thơ để cổ vũ quân, dân như sau:

“Xã tắc lưỡng hồi lao thạch mã

Sơn hà thiên cổ điện kim âu”

Dịch nghĩa là:

“Xã tắc hai phen chồn ngựa đá

Non sông muôn thuở vững âu vàng”   

Sau khi đánh đuổi giặc ngoại xâm, xã tắc thanh bình, dân chúng an cư lạc nghiệp, Ngài đã có nhiều chính sách củng cố triều đình, phủ dụ và đoàn kết toàn dân xây dựng, phát triển quốc gia Đại Việt vững mạnh, trường tồn. Đặc biệt là chính sách hòa giải, Ngài đã xóa bỏ mọi lỗi lầm trước đó của các quần thần, không ngừng củng cố khối đại đoàn kết dân tộc. Về ngoại giao, Ngài đã thực thi phương sách vừa mềm dẻo, vừa cứng rắn với các nước lân bang.

Năm 1293, Ngài nhường ngôi cho con là Trần Anh Tông để lên làm Thái Thượng Hoàng. Sau khi nhường ngôi, năm 1294, Thượng hoàng Trần Nhân Tông đích thân tiếp tục lãnh đạo quân sĩ Đại Việt đi chinh phạt Ai Lao, giữ yên bờ cõi và tiếp tục mối bang giao hòa hảo với đất nước “Triệu voi”. Sau khi quốc gia, xã tắc được bình yên, Ngài trở về hành cung Vũ Lâm (thuộc Ninh Bình ngày nay) xin xuất gia cầu đạo với Quốc sư Huệ Tuệ, khởi đầu cho sự nghiệp tu hành của người xuất gia tam giới.

Năm 1299, Ngài từ hành cung Vũ Lâm trở về kinh thành Thăng Long, rồi thẳng tiến lên núi Yên Tử (nay thuộc Uông Bí, Quảng Ninh), tinh cần tu hạnh đầu đà lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà. Ngài cho dựng chùa, giảng pháp, độ Tăng. Người học Phật quy tụ về Yên Tử rất đông. Đồng thời, Ngài đã thống nhất ba dòng thiền: Tỳ-Ni-Đa-Lưu-Chi, Vô Ngôn Thông, và Thảo Đường thành lập lên dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử với tư tưởng nhập thế “Cư trần lạc Đạo”, “Hòa quang đồng trần” là dòng thiền mang bản sắc riêng của Đại Việt. Dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử được gìn giữ và lưu truyền qua các thời đại, các thế hệ Phật giáo Việt Nam mà ngày nay Giáo hội Phật giáo Việt Nam là chủ thể kế thừa tinh hoa nhập thế đồng hành cùng dân tộc.

Xuất gia tu hành chứng ngộ tinh túy của thiền tông và với tinh thần nhập thế sâu sắc, Hương Vân Đại Đầu Đà Trần Nhân Tông đã thường xuyên đi các nơi để giảng dạy Phật pháp. Ngài không chỉ hoằng pháp ở khắp vùng thành thị, thôn quê mà còn du lãm ra cả các vùng đất bên ngoài; không phải chỉ ở trong nước, mà còn đến cả các nước lân bang. Năm 1301, Ngài đến trại Bố Chính (nay là Lệ Thủy, Quảng Bình) lập am Tri Kiến (nay là chùa Hoằng Phúc, huyện Lệ Thủy) tu hành, nắm vững tình hình và thực hiện hành trình hóa độ cho các nước láng giềng, phía Nam tới Chiêm Thành. Quốc vương Champa rất kính cẩn thỉnh mời Ngài giảng giải giáo nghĩa thiền tông. Thông qua Phật pháp, Ngài đã tạo lập mối quan hệ hợp tác, hòa bình, hữu nghị với các nước lân bang. Kết quả là vùng đất châu Ô, châu Lý tức châu Thuận, châu Hóa mới được sáp nhập vào Đại Việt do vua Chế Mân dâng làm sính lễ cưới Huyền Trân công chúa. Thiền phái Trúc Lâm cũng được hoằng hóa với sự xuất hiện của nhiều ngôi chùa không chỉ là nơi sinh hoạt tâm linh cho các cư dân từ Bắc vào sinh sống trên vùng đất mới mà còn là công trình văn hóa khẳng định chủ quyền của dân tộc cùng với việc truyền bá văn hóa Đại Việt.

Năm 1304, Ngài chống gậy trúc dạo đi khắp các địa phương, xóm làng trong nước để khuyến khích muôn dân giữ gìn năm giới, tu hành thập thiện, dẹp bỏ những nơi thờ cúng không đúng chính pháp, loại bỏ những điều mê tín dị đoan, xây dựng chính tín. Mùa đông cùng năm đó, vua Trần Anh Tông dâng biểu thỉnh mời Điều Ngự vào đại nội trong cung để truyền giới Bồ tát cho các vương công, bá quan văn võ, quần thần.

Năm 1307, niên hiệu Hưng Long thứ 15, tại am núi Ngọa Vân, trong số các đệ tử là thiền sư Pháp Loa, Bảo Sát, Bão Phác, Pháp Không, Pháp Cổ, Huệ Nghiêm, Pháp Tràng, Hương Tràng, Hương Sơn, Mật Tạng…, Đức Điều ngự Trần Nhân Tông đã trao truyền y bát và viết tâm kệ trao cho Tôn giả Pháp Loa làm nối dõi truyền thừa Trúc Lâm. 

Năm 1308, ngày mùng 1 tháng giêng năm Mậu Thân, niên hiệu Hưng Long thứ 16, tại Cam Lộ đường chùa Siêu Loại (nay là Gia Lâm, Hà Nội), Điều Ngự Trần Nhân Tông đã trao chức vụ trụ trì chùa Báo Ân cho Ngài Pháp Loa và truyền tâm ấn phong làm Đệ nhị Tổ Trúc Lâm trước sự chứng kiến của vua Trần Anh Tông. Đức Điều Ngự trở thành Sơ Tổ Thiền phái Trúc Lâm. Trong thời gian đó, Ngài thường lui tới các chùa Báo Ân Siêu Loại, Sùng Nghiêm Hải Duơng, Vĩnh Nghiêm Bắc Giang, chùa Từ Lâm, chùa Quỳnh Lâm Đông Triều để giảng kinh, thuyết pháp và chứng minh các lễ hội.

Ngày mùng Một, tháng 11 năm Mậu Thân - 1308, Sơ Tổ Điều Ngự Trần Nhân Tông nhập diệt tại đỉnh Ngoạ Vân, am Tử Tiêu, núi Yên Tử, thọ thế 51 năm. Theo các sách cổ sử, Ngài Bảo Sát phụng theo di chúc hỏa thiêu Điều Ngự để lại hàng ngàn hạt xá lỵ. Đệ nhị Tổ Pháp Loa và vua Trần Anh Tông cung rước ngọc cốt và xá lỵ về kinh thành cử hành quốc lễ tôn thánh hiệu là: “Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tịnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Tổ Phật”. Xá lỵ sau đó được chia thành nhiều phần được tôn trí tại Ngọa Vân Am, và Huệ Quang Kim Tháp hay còn gọi là Tháp Tổ tại chùa Hoa Yên, non thiêng Yên Tử (Quảng Ninh). Ngoài ra, xá lỵ còn được tôn thờ ở các nơi khác là trung tâm lớn về chính trị, kinh tế, tôn giáo dưới thời nhà Trần như ở tháp Đại Thắng Tư Thiên tức tháp Báo Thiên ở kinh thành Thăng Long (Hà Nội), Lăng Quy Đức phủ Long Hưng (Thái Bình), Tháp Phổ Minh thuộc Phủ Thiên Trường (Nam Định).

Trong sự nghiệp hoằng dương chính pháp, Sơ Tổ Điều ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông đã chủ trì cho khắc in Đại Tạng kinh và biên soạn kinh sách, ngữ lục. Qua đó, Ngài đã để lại cho hậu thế kho tàng pháp bảo vô cùng quý báu như: Trần Nhân Tông thi tập, Đại Hương Hải Ấn thi tập, Tăng Già Toái Sự, Thạch Thất Mỵ Ngữ, Trung Hưng Thực Lục, Truyền Đăng Lục v.v….Cốt lõi nhất là bài kệ Pháp thân thường trụ trước khi nhập diệt Ngài nói cho đệ tử hầu cận là Thiền sư Bảo Sát: “ Nhất thiết pháp bất sinh; Nhất thiết pháp bất diệt; Nhược năng như thị giải; Chư Phật thường tại tiền; Hà khứ lai chi hữu”. Được dịch nghĩa là: “Tất cả pháp không sinh; Tất cả pháp không diệt; Ai hiểu được như vậy; Thì chư Phật hiện tiền; Nào có đến có đi”.

Đức vua Phật hoàng Trần Nhân Tông là vị hoàng đế anh minh, lãnh tụ thiên tài, anh hùng dân tộc. Ngài là nhà văn hóa lớn, nhà tư tưởng lớn, đồng thời là nhà tu hành giác ngộ đã để lại hệ thống tư tưởng đặc sắc về Phật giáo. Người sáng lập nền Phật giáo Trúc Lâm và dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử được các thế hệ nhân dân ta tôn xưng là Vua Phật Việt Nam. 

Nam Mô Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tịnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Tổ Phật Tác Đại Chứng minh.