Theo Đại Việt Sử ký toàn thư, ngày 3 tháng 3 năm Quý Tỵ 1293, vua Trần Nhân Tông nhường ngôi cho con cả là Hoàng Thái tử Thuyên lên ngôi Hoàng đế còn Ngài ở ngôi Thượng hoàng.

Sau đó Ngài về Hành cung Vũ Lâm, chùa Khai Phúc để xuống tóc và đi tu từ nơi đây. Tuy vậy, nhiều người nghiên cứu về Phật hoàng Trần Nhân Tông lại chưa quan tâm đúng mức đến địa danh nơi mà Ngài chính thức xuất gia tu hành, lâu nay giới nghiên cứu chỉ quan tâm và chú trọng về giai đoạn Ngài lên Yên Tử tu khổ hạnh rồi lập ra thiền phái Trúc Lâm.

Chùa Khai Phúc, nằm trong tổng thể cảnh quan thuộc Hành Cung Vũ Lâm, xã Ninh Thắng, huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình, được dựng từ thời vua Trần Thái tông (1225 – 1258). Theo ông Nguyễn Đức Long, Phó Giám đốc Sở Văn hóa Thể thao - Du lịch tỉnh Ninh Bình trích theo nguồn thư tịch cổ như sách “Thái Vi quốc tế ngọc ký (viết trong tập Trần Gia ngọc phả, lập năm Cảnh Thịnh thứ 5 (1667), sao lại năm Bảo Đại thứ 3 (1924) lưu tại Bảo tàng tỉnh Ninh Bình thì: “Sau cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Mông Cổ lần thứ nhất (1258) vua Trần Thái tông 40 tuổi, đã nhường ngôi cho Hoàng Thái tử Hoảng (Trần Thánh Tông) về vùng núi lập am để tu hành, mở đầu cho việc xây dựng hành cung Vũ Lâm”. Phía trước Hành cung ngài cho dựng một nếp chùa khiêm tốn, làm nơi tu tập và cũng là nơi cho dân chúng lui tới chiêm bái Phật. Chùa ấy ngài đặt tên là “Khai Phúc tự”. Vậy cái tên “Khai Phúc” có ý nghĩa gì? Đó là đức Trần Thái Tông muốn mở lòng đưa hạnh phúc tới mọi người, mọi nhà. 

Tuổi niên thiếu, Trần Khâm (tức vua Trần Nhân Tông sau này) từng theo ông nội về Vũ Lâm và say sưa nghe ông kể chuyện về cuộc đời đức Phật. Nơi đây có dòng sông Sào Khê đi từ Trường Yên về Hành Cung hợp lưu với sông Vân Sàng, sông Yên làm cho Hành cung trở thành điểm nối quan trọng giữa kinh thành Thăng Long, Ninh Bình, Thái Bình và Nam Định, khiến vùng núi rừng sông nước này trở thành sơn kỳ thủy tú mà Hoàng tử Trần Khâm hằng mê đắm.

Năm 1282 – 1283, trước khi quân Mông Thát kéo 50 vạn đại binh sang định làm cỏ nước Nam lần thứ 2 thì vua Trần Nhân Tông đã cùng với các tướng lĩnh triều đình về lại Hành cung Vũ Lâm để bàn kế giữ nước, lập các phòng tuyến chặn giặc. Sự thật cả vùng Vũ Lâm, Hệ Dưỡng, Tam Cốc, Bích Động đã được hai vua Trần Thánh Tông, Trần Nhân Tông sử dụng làm căn cứ phía tây nam đất nước, cùng với căn cứ Vạn Kiếp tại khu đông bắc do Trần Hưng Đạo chỉ huy là hai căn cứ kháng chiến lớn nhất trong công cuộc chống quân xâm lược Mông – Nguyên.

Nay về Hành cung Vũ Lâm ta còn nghe nhắc đến những cái tên như Thái Vi – Thung Nham (xã Ninh Hải); Hành Cung – Khả Lương – Tuân Cáo – Hạ Trạo (xã Ninh Thắng) và Khê Đầu, Bộ đầu, Hệ Dưỡng (xã Ninh Vân). Đó là những địa điểm và cũng là địa danh có liên quan trực tiếp đến cuộc kháng chiến chống quân xâm lược nhà Nguyên năm 1285. 

Rõ ràng là Hành cung Vũ Lâm và chùa Khai Phúc gắn liền với hai cuộc kháng chiến chống quân Nguyên – Mông (1285 và 1288), gắn liền với sự nghiệp chỉ đạo chiến tranh của vua Trần Nhân Tông, đồng thời cũng là nơi đầu tiên Trần Nhân Tông xuất gia tu Phật. 

Thời gian và cả con người đã phũ phàng biến nơi danh lam cổ tự này thành hoang phế. May thay mấy năm gần đây nhân dân Vũ Lâm cùng với Ni sư Diệu Nhân, trụ trì tại chùa Yên Ninh, cách Vũ Lâm chừng 3 cây số đã chung tay dựng lại ngôi chùa.

Khi dựng chùa mới, các nhà khảo cổ cùng với nhân dân địa phương đã tiến hành khai quật, tìm lại được nền móng xưa và một số hiện vật. Nay vẫn còn lưu giữ một đoạn móng cũ trong lòng ngôi chùa mới. 

Chùa Khai Phúc có một lịch sử lâu đời. Và sự ghi chép trong chính sử cũng như trong lịch sử Phật giáo Việt Nam là rõ ràng và thành một dòng chảy liên tục.

Vũ Lâm là nơi Thượng hoàng Trần Nhân Tông xuất gia. Ngọa Vân Am là nơi Phật hoàng Trần Nhân Tông thành đạo và nhập diệt. Ngọa Vân đã được Nhà nước xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia từ năm 2006. Riêng Vũ Lâm đang còn loay hoay mọi bề. Mong các cơ quan Văn hóa các cấp lưu ý đến Di tích lịch sử văn hóa đặc biệt quan trọng này.