Theo sử sách ghi lại, Tổ sư sinh năm 1725 tại dinh Trấn Biên (tỉnh Biên Hòa, Bà Rịa sau này), xuất gia với thiền sư Thành Đẳng – Minh Lượng, tiếp nối dòng thiền phái Lâm Tế tông, đời thứ 35.

Năm 1744, theo phong trào mở rộng đất đai của nước Việt xuống phía Nam, cuộc di dân từ miền Trung và vùng Đông Nam cũng theo đó di chuyển đến huyện Tân Bình. Tổ Phật Ý – Linh Nhạc vâng lời thầy mình theo lớp người di dân đến huyện Tân Bình để khai phá rừng làm đất canh tác, cất am tu hành.

Sau một thời gian dài định cư tại vùng đất mới, đời sống người dân dần ổn định, nhu cầu tâm linh theo đó được quan tâm, dân chúng trong vùng mới đến am tranh của Thiền sư Linh Nhạc để cầu nguyện, nghe thuyết giảng về Phật pháp, tụng kinh lễ sám.

Nhân duyên hội đủ, cùng với tài đức và nhiệt tâm hoằng pháp độ sanh, thiền sư Phật Ý – Linh Nhạc được thỉnh về trụ trì 2 chùa Khải Tường và Từ Ân, nơi đây cũng trở thành trung tâm Phật giáo quan trọng của phủ Gia Định. Lúc đất nước diễn ra nội chiến, vua Gia Long có thời gian thọ ơn 2 ngôi chùa do Tổ trụ trì. Đến khi đất nước thống nhất vua nhớ ơn đã ban Y Bát cho Tổ và suy tôn Hòa Thượng, đồng thời “Sắc tứ” cho chùa Từ Ân và “Quốc ân” cho chùa Khải Tường xem như Quốc tự.

Năm Nhâm Thìn (1772), Phật tử ở chùa Giác Lâm (Phú Thọ, Gia Định) đến chùa Từ Ân xin Hòa thượng Linh Nhạc Phật Ý cử tăng sĩ vào trụ trì chùa này. Chùa Giác Lâm do cư sĩ Lý Thoại Long, người Minh Hương, quyên tiền bá tánh xây cất năm Giáp Tý (1744). Tổ đã cử Thiền sư Viên Quang Tổ Tông vào trụ trì chùa Giác Lâm từ đó cho đến ngày viên tịch (1827).

Ngày 20 tháng 11 năm Tân Tỵ (1821), Đại lão Hòa thượng Phật Ý- Linh Nhạc viên tịch tại chùa Từ Ân, thọ 97 tuổi. Khi Đại lão Hòa thượng viên tịch có mùi hương ngát ở chùa. Đồ chúng và quan chức Gia Định làm lễ an táng Ngài hết sức long trọng, lập tháp trong khuôn viên chùa Từ Ân.

Đến năm Quí Hợi 1923, Thiền sư Hồng Hưng tổ chức lễ thỉnh hài cốt của Tổ Phật Ý Linh Nhạc về Tổ đình Giác Lâm và lập tháp mới bên cạnh tháp của Hòa thượng Tổ Tông Viên Quang (Trưởng tử Tổ) trong khuôn viên tổ đình.

Thiền sư Tổ Phật Ý – Linh Nhạc được xem là người tiên phong trong việc truyền bá Phật giáo tại vùng đất Gia Định xưa và cả vùng đất Nam Bộ ngày nay. Đệ tử, đệ tôn của Ngài sau này cũng là những thiền sư lỗi lạc, Phật pháp uyên thâm, tiếp nối công hạnh của Tổ để hoằng dương chánh pháp, đóng góp rất lớn trong việc xây dựng, chấn hưng, phát triển Phật giáo Việt Nam cho đến tận ngày nay.

Tại lễ húy kỵ 200 năm ngày Tổ viên tịch, chư Tôn đức là đồ chúng đệ tôn đã thành kính dâng hương tưởng niệm, đảnh lễ Giác linh Tổ sư tại chánh điện và bảo tháp của Ngài.

Tại đây, hàng đồ chúng đồng phát nguyện tiếp tục phụng hành sứ mệnh mà chư vị lịch đại tổ sư đã để lại, làm cho Tổ ấn trùng quang, Phật pháp xương minh.