Đặc biệt, những năm 1923-1926, cụ Phó Bảng Nguyễn Sinh Sắc, thân sinh Chủ tịch Hồ Chí Minh, đã đến chùa này và cùng với Hòa thượng Từ Văn lập ra Hội Danh dự, để truyền bá tư tưởng yêu nước trong giới Phật giáo.

Trong giai đoạn 1945-1975, ngôi tam bảo này có nhiều đóng góp sức người, sức của vào công cuộc cứu nước. Nhiều chư tăng đã đi theo con đường chân tu và đóng góp vào sự nghiệp bảo vệ Tổ quốc.

Theo Hòa thượng Thích Huệ Thông, trụ trì chùa Hội Khánh hiện nay, kiến trúc chùa đẹp và tráng lệ như hiện nay nhờ vào công sức qua lịch sử gần 300 năm.

Năm 1868, chùa được Hòa thượng Toàn Tánh trùng tu sau khi bị giặc Pháp đốt phá.

Năm 1883, Hòa thượng Chương Đắc tổ chức đúc Đại Hồng Chung - pháp khí đầu tiên đúc tại Thủ Dầu Một.

Năm 1885, Hòa thượng Ấn Long cho khắc kinh mộc bản, gồm các bộ: Di Đà, Hồng Danh, Vu Lan, Phổ Môn, Kim Cang... Về sau, các bộ kinh này được Hòa thượng Từ Văn trùng khắc vào năm 1930.

Năm 1908, Hòa thượng Từ Văn xây lại cổng Tam quan (cổng Tam quan trước đó có từ năm 1784).

Từ cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX, các bộ tượng Phật và hệ thống hoành phi, bao lam, liễn đối... của chùa được tôn tạo, bổ sung, có giá trị nghệ thuật đặc biệt, do chính các nghệ nhân đất Thủ thực hiện.

Năm 2008, Trụ trì Huệ Thông đã cho xây dựng công trình Phật học, thư viện với diện tích gần 14.000 mét vuông, đối diện chùa Hội Khánh.