Theo từ điển “Phật học Việt Nam”, chùa Vĩnh Nghiêm được xây dựng thời Lý Thái Tổ (1010 - 1028), có tên gọi là chùa Chúc Thánh. Đến triều vua Trần Nhân Tông (1279 - 1308), ngôi chùa được mở mang, xây dựng khang trang, đổi tên thành Vĩnh Nghiêm tự và trở thành trung tâm Phật giáo lớn của Đại Việt.

Chùa Vĩnh Nghiêm thờ Phật và ba vị Trúc Lâm tam tổ là Phật Hoàng Trần Nhân Tông, thiền sư Pháp Loa và thiền sư Huyền Quang. Chùa Vĩnh Nghiêm được coi là chốn tổ của thiền phái Trúc Lâm, trường đại học Phật giáo đầu tiên ở Việt Nam.

Hiện nay, trong chùa Vĩnh Nghiêm còn lưu giữ được kho mộc bản vô giá mang nhiều nội dung từ kinh phật, sách văn học, nghiên cứu, tấu sớ, văn bia, lịch sử, danh nhân... Kho mộc bản trong chùa Vĩnh Nghiêm có 3.050 mộc bản với 9 đầu sách lớn thuộc hai loại kinh, sách chính: Loại kinh sách có nguồn gốc từ Trung Hoa, Ấn Độ được các Phật tổ thiền phái Trúc Lâm kế truyền, chú dẫn theo tư tưởng Việt Nam và loại kinh sách của các Tổ sư thiền phái Trúc Lâm sáng tác truyền lại.

Một số loại kinh, sách chính trong kho mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm như: Kinh Phật có hai bộ là Đại phương quảng Phật Hoa nghiêm kinh (cả phần kinh và phần chú giải) và A Di Đà kinh. Đây là 2 bộ kinh chủ yếu dùng trong Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử. Về luật giới Phật có Đại thừa chỉ quán, Tỳ khâu ni giới, Sa di ni giới kinh. Ba quyển này là giới luật tu và thiền cho các tăng ni của thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.

Các mộc bản trong chùa Vĩnh Nghiêm đều được khắc trên vật liệu là gỗ thị. Loại gỗ này được khai thác chủ yếu trong vườn chùa.

Chữ trên các mộc bản trong chùa Vĩnh Nghiêm đều được dùng bằng chữ Hán và Nôm. Chữ khắc ngược (âm bản) để khi in ra giấy sẽ trở thành chữ xuôi.

Năm 2012, kho mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm được UNESCO công nhận là Di sản Ký ức thế giới khu vực Châu Á, Thái Bình Dương

Năm 1964, chùa Vĩnh Nghiêm được Nhà nước xếp hạng là di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia. Năm 2014, lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm được Nhà nước công nhận là di sản văn hóa phi vật thể quốc gia.

Năm 2016, Ban trị sự giáo hội phật giáo tỉnh Bắc Giang tổ chức lễ khởi công và phát mộc công trình nhà lưu giữ và trưng bày mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm. Công trình hoàn thành trong khuôn viên chùa Vĩnh Nghiêm, nằm cạnh Tam Bảo, với tổng diện tích hơn 330m2.