Lễ hội được chia làm 2 phần gồm có phần lễ và phần hội. Trong đó, phần lễ gồm hoạt động dâng hương tại những nơi thờ tự, tín ngưỡng, tổ chức Pháp hội cầu Quốc thái dân an, nhân dân Phật tử được mạnh khoẻ, an lành và hạnh phúc vào tối ngày mùng 5 Tết.

Trong những ngày diễn ra lễ hội thường xuyên diễn ra các chương trình biểu diễn quan họ trên thuyền, giao lưu nghệ thuật trên quảng trường Đại Phật tượng, các trò chơi dân gian truyền thống, vào ngày mùng 3 tết Đại Tướng Tô Lâm – Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Đảng uỷ Công an Trung Ương, Bộ trưởng Bộ Công an cùng Đại Tá Nguyễn Văn Long – Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh đã đến viếng thăm và trồng cây lưu niệm nhân dịp kỷ niệm 60 năm ngày Bác Hồ phát động tết trồng cây.

Chính điều này làm cho lễ hội Khán Hoa Mẫu đơn thêm phần ý nghĩa. Đây cũng chính là lễ hội diễn ra với quy mô lớn và sớm nhất tỉnh Bắc Ninh.