Chùa Báo Ân được xây dựng vào khoảng thời gian 1842, tức khoảng thời gian trị vì vua Thiệu Trị – một dấu ấn hiếm hoi của vương triều Nguyễn trên đất Thăng Long xưa. Người chủ trì việc xây chùa là Quan Tổng đốc Nguyễn Đăng Giai nên người đời còn lấy phẩm hàm vủa vị quan này để gọi chùa bằng hai tiếng Quan Thượng.

Chùa Báo Ân là minh chứng điển hình cho dòng tư tưởng “Cư Nho Mộ Thích” thịnh hành trong thời Nguyễn: tức là học theo đạo Nho nhưng vẫn sùng bái Phật giáo. Bản thân quan chủ trì Nguyễn Đăng Giai cũng xuất thân từ Nho gia vọng tộc. Ông nội là Tiến sĩ Nguyễn Đăng Hoành, còn thân phụ ông chính là là thiếu sư Nguyễn Đăng Tuân – thầy giáo của vua Thiệu Trị.

Chùa được xây dựng trên nền xưa là đất làng Cựu Lâu ( tập hợp từ ba làng Cựu kho súng, Hậu Lâu, Hậu Bi khoảng cuối đời vua Minh Mạng). Nơi đây vốn là phạm vi của khu vực lầu Ngũ Long do chúa Trịnh Doanh (1740-1767) cho dựng để làm nơi hóng mát tiết hè. Để xóa bỏ tàn tích của chúa Trịnh, năm 1787, Lê Chiêu thống đã ra lệnh đốt phủ chúa và những gì có liên quan.

Nằm trên khu đất gần 100 mẫu, chùa Báo Ân được coi là công trình Phật giáo có quy mô bậc nhất xứ Thăng Long bấy giờ với 36 nóc và 180 gian, kiến trúc phức tạp và cầu kỳ. Chùa còn sở hữu một quần thể tượng lớn, nhiều bức được sơn son thiếp vàng hoặc khảm xà cừ, tạo hình sinh động.

Vẻ đẹp của chùa Báo Ân đã khiến nơi đây được coi là động tiên với lời truyền miệng: “Phong quang cảnh trí trăm đường – Trong xây chín giếng, ngoài tường lục lăng – Rõ mười cửa động tưng bừng – Đền vàng tỏa ngọc chất từng như nêm”.