Chùa Thầy được xây dựng dưới thời vua Lý Nhân Tông (1066-1128), và gắn liền với giai thoại cuộc đời Thiền sư Từ Đạo Hạnh - người có công lớn trong việc dạy học, chữa bệnh cho dân và sáng lập ra bộ môn múa rối nước.

Chùa Thầy nằm tựa vào núi, trên khu đất hình hàm rồng. Phía trước là sân rộng nhìn ra hồ Long Trì. Ở giữa hồ có thủy đình cổ kính, được ví như viên ngọc rực rỡ trong miệng rồng thiêng. Nơi đây thường trở thành sân khấu của các nghệ sĩ múa rối nước vào các ngày lễ hội.

Từ khoảng sân rộng, có hai cây cầu Nhật Tiên Kiều và Nguyệt Tiên Kiều nối sang hai bên tạo thành hai râu rồng.

Phần chính của chùa gồm ba tòa nằm song song với nhau: chùa Hạ, chùa Trung, chùa Thượng. Tòa ngoài là nhà tiền tế hay chùa Hạ, tòa giữa là trung điện hay chùa Trung, tòa trong cùng là Thượng điện.

Chùa Hạ là nơi lễ bái của các tăng ni phật tử, cũng là nơi giảng đạo của các nhà sư. Chùa Trung là nơi thờ Tam Bảo, bày bàn thờ Phật, 2 bên có 2 tượng Hộ pháp, tượng Thiên Vương. Chùa Thượng nằm ở vị trí cao nhất, tách biệt hẳn so với chùa Hạ và chùa Trung, là nơi đặt tượng Di Đà tam tôn, Thích Ca, tượng ba kiếp (Tăng, Phật và Đế vương) của thiền sư Từ Đạo Hạnh.

Chùa Thầy sở hữu lối kiến trúc nghệ thuật độc đáo, đặc trưng của thế kỷ XVII. Từng chi tiết được chạm khắc tinh xảo trên mái, cột, cửa… đều thể hiện cái thần và văn hóa của triều đại nhà Lý cách đây gần một nghìn năm.

Với những giá trị về lịch sử và văn hóa, chùa Thầy được Nhà nước chính thức công nhận là Di tích quốc gia đặc biệt.

Lễ hội truyền thống chùa Thầy được tổ chức từ ngày mùng 5 tới mùng 8 tháng 3 (âm lịch), ngày hội chính là ngày mùng 7 tháng 3 hàng năm. Lễ hội chùa Thầy bao gồm hai phần, phần nghi lễ và các diễn xướng dân gian. Hiện chùa còn lưu giữ các nghi lễ chính như: Nghi lễ mộc dục, lễ phục nghinh bài vị – lễ cúng yên vị, lễ tế và lễ rước…