Đây là ngôi chùa cổ được xây dựng đã nhiều năm, theo hồ sơ đề xuất xếp hạng chùa Hoa Lâm là di tích - lịch sử cấp Tỉnh của xã Đức Lâm (Đức Thọ, Hà Tĩnh) và theo tác giả Thái Kim Đỉnh viết trong sách Chùa cổ Hà Tĩnh thì nguồn gốc ra đời của chùa như sau: 

Tương truyền chùa do Công chúa Mỹ Ngọc, con gái vua Trần Trùng Quang, lập lên đầu thế kỉ XV. Nay mộ bà vẫn ở trên vùng đất trước chùa. Chùa có hai toà nhà lớn, chạm trổ đẹp, dựng trong vườn cây cổ thụ. Trong chùa có tới 50 pho tượng Phật, giá trị nhất là các pho “Phật tổ Như Lai”, “A Di Đà”, “Quan Âm”,… Nhiều lần chùa bị đốt cháy và được trùng tu nên không còn dấu vết xưa”. Ngôi chùa hiện nay đã được sửa sang lại, khá khang trang, trong đó có bức đại tự chữ Hán “Hoa Lâm Ngự tự” có từ thời vua Thành Thái là lâu năm nhất.

Tuy nhiên theo một tài liệu do ông Nguyễn Trọng Thuyết - một người cao niên trong làng sưu tầm được, thì nguồn gốc ra đời của chùa Hoa Lâm lại khác:

Sau khi Lý Chiêu Hoàng bị ép nhường ngôi cho Trần Cảnh (tức Trần Thái Tông) vào năm 1225 đã làm cho nhiều người bất mãn, trong đó có các nhà sư (do nhà Lý rất trọng đạo Phật). Tháng Tám năm Nhâm Thìn (1232), khoảng 300 nhà sư miền Bắc họp tại một ngôi chùa có tên “Hoa Lâm Ngự Tự” (vì vua nhà Lý thường về đây lễ Phật - nên có chữ Ngự) tại làng Hoa Lâm, huyện Đông Ngàn (vùng huyện Đông Anh, Hà Nội ngày nay), định làm một cuộc khởi nghĩa khôi phục nhà Lý. Trần Thủ Độ hay tin đem quân tới đàn áp, giết chết hơn 200 người. Số còn lại sống sót chạy li tán tứ xứ, trong số đó có một số chạy vào vùng Thanh Hoá - Nghệ Tĩnh (ngày nay). Khi đi họ đem theo một số đồ tế khí và tượng Phật, họ đi chủ yếu bằng đường thuỷ. Khi đến bãi Phù Thạch ở bờ Nam sông Lam (nay là vùng Đức Vĩnh, Đức Thọ) thì dừng lại. Sau đó họ toả đi khắp huyện Chi La (Đức Thọ), làm đủ thứ nghề để sinh sống như: làm ruộng, làm gạch ngói, đào đá ong,… 

Khoảng 15 năm sau (1247), họ xây dựng được một số ngôi chùa trên vùng đất Chi La trong đó có Chùa Ngự (Hoa Lâm Ngự Tự) ở xã Hoa Lâm (ngày nay là làng Văn Lâm, xã Lâm Trung Thuỷ, huyện Đức Thọ, tỉnh Hà Tĩnh). Đồ tế khí và tượng Phật được phân đều cho các chùa. 

Theo tài liệu này thì tên chùa “Hoa Lâm Ngự Tự” ở làng Văn Lâm (Đức Thọ) được đặt theo tên chùa “Hoa Lâm Ngự Tự” ở làng Hoa Lâm, huyện Đông Ngàn (vùng huyện Đông Anh, Hà Nội ngày nay) - đặt tên để nhớ cố hương.

Theo tìm hiểu, nghiên cứu của chúng tôi thì thời gian và địa danh trong tài liệu của cụ Nguyễn Trọng Thuyết đều trùng khớp với thời gian và địa danh ở làng Hoa Lâm, huyện Đông Ngàn (Đông Anh, Hà Nội ngày nay).

Cụ thể, trong bài viết “Bí ẩn Hoa Lâm Viên” đăng trên trang web “anninhthudo.vn” ngày 30/12/2008; bài viết “Hoa Lâm Viên - Chùa Diên Phúc - Đình Thái Đường: Những địa danh của Thăng Long - Hà Nội 1000 năm tuổi” đăng trên trang web “phattuvietnam.net” ngày 11/9/2009 và bài viết “Hoa Lâm viên và những dấu ấn triều Lý” đăng trên báo Hà Nội mới ngày 21/09/2009 đều cho biết:

Thứ nhất, về địa danh “Hoa Lâm”: Trong cuộc toạ đàm của Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam và Hội Sử học Hà Nội về “Những phát hiện khảo cổ học ở Đông Anh và những vấn đề về quê hương Nhà Lý”, GS.TS Nguyễn Quang Ngọc, Viện trưởng Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển đã khẳng định “Quê ngoại của vua Lý Công Uẩn chính là Hoa Lâm xưa và Thái Đường ngày nay”.

Thứ hai, về sự kiện “năm 1232”: Các bài viết trên đều dẫn ra rằng “Không chỉ có “Đại Việt sử ký toàn thư” mà nhiều bộ chính sử khác như: “Việt sử thông giám cương mục” cũng đề cập đến chuyện “Mùa đông năm ấy (Năm Kiến trung thứ 8 - 1232) nhân người họ Lý làm tế lễ các Vua Lý ở Thái Đường - Hoa Lâm. Trần Thủ Độ ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống”.

Từ các cứ liệu trên, theo chúng tôi, lịch sử ra đời của chùa “Hoa Lâm Ngự” ở làng Văn Lâm, xã Lâm Trung Thuỷ, huyện Đức Thọ, tỉnh Hà Tĩnh theo tài liệu của cụ Nguyễn Trọng Thuyết là có tính khoa học và đáng tin cậy. 

Từ hai giả thuyết về sự ra đời của chùa Hoa Lâm (Đức Thọ) trên đây, theo chúng tôi, chùa được ra đời như tài liệu của cụ Nguyễn Trọng Thuyết đã nêu. Lúc đầu chùa rất đơn sơ, ở nơi hoang vắng (địa điểm chùa đóng là một gò đất cao hình tròn ở giữa cánh đồng rộng, đến nay chùa vẫn tách biệt với các điểm cư dân xung quanh; vì chạy trốn nên các nhà sư tìm nơi hoang vắng để ở ẩn).

Đầu thế kỷ XV, Tổng hành dinh của nhà Trần (do Trần Quý Khoáng thường gọi là Trùng Quang Đế - vị hoàng đế thứ hai và là vị hoàng đế cuối cùng của nhà Hậu Trần xây dựng để chống quân Minh khoảng từ năm 1409 đến 1413) đóng tại Bình Hồ, huyện Chi La (nay là xã Yên Hồ, huyện Đức Thọ). Trong thời gian này, Công chúa Mỹ Ngọc (con gái vua Trùng Quang Đế), trong một lần đi thăm thú vùng đất Chi La, khi qua xứ Hoa Lâm, công chúa đã dừng thuyền tại đây và vào thăm chùa (trước chùa có con sông nhỏ bắt đầu từ Khe Lang chảy xuống Đò Trai gặp với sông Minh, cuối sông Minh nơi gặp nhau với sông La tạo nên ngã ba sông Minh - nơi Trùng Quang Đế xây dựng Tổng hành dinh). Thấy chùa quá hoang sơ, đồ tế khí lại ít nên động lòng trắc ẩn, công chúa đã về xin vua cha cho xây dựng chùa (như đã dẫn ở trên).

Kính mong các nhà khoa học, các nhà nghiên cứu lịch sử tiếp tục nghiên cứu để có câu trả lời chính xác về nguồn gốc ra đời của chùa “Hoa Lâm Ngự” ở làng Văn Lâm (Đức Thọ, Hà Tĩnh) và mối quan hệ giữa làng Hoa Lâm, huyện Đông Ngàn (Đông Anh, Hà Nội) và làng Hoa Lâm (Đức Thọ, Hà Tĩnh).