Ngày xửa xưa nằm giữa đồng không mông quạnh quanh năm leo lét những ngọn đèn dầu. Ngày nay đã bị bao bọc chung quanh bởi nhà cửa san sát của khu dân cư đông đúc và những con lộ bê tông lớn nhỏ cắt chía thành hẻm trái ngách phải, nhưng vẫn giữ được một không gian thanh tịnh yên tĩnh của chốn tu hành hoằng pháp.

Với lịch sử lâu đời, thưở sơ khai chỉ là ngôi chùa của dân làng tạo lập với mái tranh vách đất thờ phụng thần linh và các vị tiền bối tiền hiền, dần dần đổi thay phối thờ Phật - Thánh khi đã có Sư Tăng về trụ trì hành đạo khoảng nửa cuối thế kỷ XIX.

Tên chùa dược ghép từ hai địa danh: Chợ Tân Đức và Ấp Tứ Chánh. Các sắc phong của vua triều Nguyễn (đời Duy Tân, Khải Định) đều ghi rõ là "Tân Chánh Tự", đến đời vua Bảo Đại ban bức hoành phi còn được lưu giữ đến hôm nay có 4 chữ "Tân Chánh Linh Tự". Thời kỳ đầu chủ yếu là do dân làng trông nom gìn giữ phụng thờ chư Thánh và chư vị tiền bối hữu công với làng là chính nên chùa được gọi là "Tân Chánh Nghĩa Tự".

Vào thời gian đầu có 2 vị Sư từ ngoài Phú Yên vào an trú và hành đạo ở chùa Tân Chánh, sau đó một thời gian 2 vị đã rời khỏi để đi lập chùa mới, nên làng phải cắt cử người luân phiên trông nom hương đăng. Các vị hào lão đã qua bên chùa Phú Phong (ở Phú Cấp, Diên Phú) cung thỉnh Hoà thượng Thích Bảo Đàn, húy Hải Hòa, tự Từ Nghị về trụ trì một thời gian thì Ngài về lại chùa Tổ Phú Phong để lo Phật sự.  Làng lại phải cung thỉnh Hoà thượng Thích Thiện Đạt về "trú Pháp Vương gia, trì Như Lai tạng" và lần này thì vị trụ trì đã an trú tại Chùa với thời gian rất dài để hoằng pháp lợi sanh, kiến thiết tu bổ ngôi già lam Tân Chánh ngày càng trang nghiêm tươm tất. Từ khi về trụ trì đến khi viên tịch, Ngài Thiện Đạt đã gắn bó với chùa Tân Chánh đến 30 năm, hành tu và truyền bá chánh pháp để lại dấu ấn đạo hạnh không phai mờ trong lòng bà con Phật tử gần xa...

Đến năm 1976, được Hoà thượng Thích Như Ý, Viện chủ Tổ đình Linh Sơn Pháp Bảo ở Phú Nông - Cầu Dứa (Nha Trang) đề cử, thầy Thích Tâm Phương, hiệu Hạnh Nguyện, lúc bấy giờ chỉ mới là Đại đức đã về trụ trì chùa làng Tân Chánh theo nguyện vọng của bà con Phú Lộc Đông cho đến tận bây giờ.

Chùa được trùng tu, tái tạo nhiều lần từ hơn 40 năm qua, nhưng vẫn còn lưu giữ được nét cổ kính qua nền móng cũ, bình phong "Thần Hổ"... cũng như bảo tồn được các  sắc phong, hoành phi, hay các pho tượng đất sét nung của chùa xưa. Các công trình mới được kiến tạo quanh khuôn viên chùa như Điện Di Đà Tam Tôn, thánh tượng đức  Bồ tát Quán Thế Âm lộ thiên, khu ký gửi linh cốt... hoà cùng những cây Sala, Xoài và hoa kiểng đủ sắc màu đã tạo nên một chốn lan nhã uy nghiêm giữa dòng sống xô bồ náo nhiệt của thị trấn thời hiện đại.

Tôi vào chùa lễ Phật nhằm lúc Hoà thượng trụ trì Thích Hạnh Nguyện cùng chư Tăng đang hành lễ trên Chánh điện, chuông ngân mõ dội, tiếng kệ lời kinh truyền vọng khắp trong ngoài như kêu gọi mọi người hãy tỉnh thức, sống chậm lại và quay về với chính mình để gột rửa thân tâm giải trừ nghiệp chướng...