Theo cuốn Đồng khánh dư địa chí, Chùa khởi dựng từ thời Lê (thế kỷ 15) và qua nhiều lần trùng tu, tôn tạo về sau nhưng vẫn giữ được nét kiến trúc nghệ thuật thời Hậu Lê (thế kỷ 17).

Tương truyền, vào một năm đại hồng thuỷ, có một quả chuông vàng trên một chiếc bè trôi dạt vào bãi sông thuộc thôn Nhân Dục. Các nơi đua nhau kéo chuông về địa phương mình nhưng không được, các bô lão thôn Nhân Dục lạy trời khấn Phật hô mười nam thanh nữ tú kéo được chuông lên bờ.

Cho là vật báu trời ban, dân làng Nhân Dục bèn góp công, của dựng lại chùa cho rộng rãi hơn và xây lầu treo chuông. Mỗi lần thỉnh chuông, tiếng chuông ngân vang xa hàng vạn dặm. Khi ấy vua quan Bắc quốc lo sợ vì mỗi khi tiếng chuông thỉnh, những báu vật mà chúng cướp được sẽ về với chủ cũ nên đóng giả làm cao tăng tìm đến chùa để lấy cắp chuông vàng.

Biết được dã tâm muốn cướp chuông vàng, các Tăng ni đã dấu chuông vàng xuống một chiếc giếng nhỏ. Dần dần những người mang chuông đi dấu đều viên tịch, hậu thế muốn tìm lại chuông nhưng không thấy. Để tưởng nhớ chuông vàng đã từng ở chùa, chùa được đổi tên thành Kim Chung Tự có nghĩa là chùa Chuông Vàng, thường gọi là chùa Chuông.

Ngoài kiến trúc đẹp, bề thế, chùa Chuông còn lưu giữ nhiều hiện vật có giá trị về mặt mỹ thuật cũng như lịch sử - văn hóa như: hoành phi, câu đối, chuông đồng, khánh đá…, tiêu biểu là cây cầu đá xanh, cây hương đá được dựng năm 1702, đặc biệt là tấm bia đá “Kim Chung Tự thạch bi ký” được dựng vào năm Vĩnh Thịnh thứ 7 (1711). Qua di vật này, các nhà nghiên cứu đã đoán được có một con đường thiên lý thông thương giữa Thăng Long và Phố Hiến nằm ngay ở cửa chùa.

Nét đặc sắc của ngôi chùa cổ kính là hệ thống các pho tượng Phật độc đáo, phong phú. Nổi bật là Bát bộ Kim Cương, 18 vị La Hán, 4 bức tượng Bồ Tát, hai ông Hộ Pháp chạy dọc theo hai dãy hành lang. Các pho tượng được tạo tác rất công phu, điêu luyện, mỗi pho tượng có một tư thế, dáng vẻ riêng và có biểu cảm khác nhau thu hút sự ngạc nhiên thích thú của nhiều du khách.

Đặc biệt, một hệ thống tượng có sắc diện gần gũi với khuôn mặt người Việt tạo nên điểm nhấn vô cùng gần gũi, ấm cúng, bình an cho mỗi người khi chiêm bái.

Chùa còn có các bức phù điêu bằng gỗ, đó là Thập điện Diêm Vương, mô tả cảnh nhục hình mà con người phải trải qua nơi âm giới, khuyên răn mỗi người phải biết tu nhân, tích đức nhiều hơn.

Năm 1992, chùa Chuông được xếp hạng là di tích "kiến trúc - nghệ thuật" cấp Quốc gia và là một di tích tiêu biểu thuộc di tích Quốc gia đặc biệt "Khu di tích Phố Hiến".

Vào các ngày 15/1, 8/4, 15/4, 15/7 âm lịch hàng năm, lễ hội chùa Chuông thành phố Hưng Yên được tổ chức, thu hút nhân dân trong vùng và du khách thập phương về dự.

Trải qua bao thời gian, Phố Hiến đã không còn là thương cảng sầm uất nhưng chùa Chuông vẫn mang trong mình những giá trị văn hóa, tinh thần mãi mãi trường tồn của một đô thị cổ sầm uất và phồn thịnh. Dấu xưa còn đó, nguồn cội tâm linh và nét thâm trầm thành niềm tự hào của người dân Hưng Yên.