Lịch sử ghi lại, Đức Phật hoàng Trần Nhân Tông là một lãnh tụ thiên tài, vị vua anh minh, anh hùng dân tộc. Ngài đã lãnh đạo nhân dân Đại Việt đẩy lùi các cuộc chiến tranh xâm lăng của Nguyên - Mông (năm 1285, 1288), bảo vệ nền độc lập. Đất nước thanh bình, dân chúng an cư lạc nghiệp, ngài đã củng cố triều đình, phủ dụ đoàn kết toàn dân, xây dựng và phát triển đất nước trong thời hậu chiến.

Phật hoàng Trần Nhân Tông là vị vua thứ 3 của nhà Trần, và là một trong 14 anh hùng dân tộc Việt Nam.

Năm 1293, sau khi nhường ngôi cho con là vua Trần Anh Tông, Ngài lui về phủ Thiên Trường (Nam Định) làm Thái Thượng Hoàng để dìu dắt, giúp vua làm quen với việc quản lý và điều hành đất nước.

Tháng 9 năm 1299, khi vua Trần Anh Tông đã đủ trưởng thành, Thượng hoàng Trần Nhân Tông chính thức xuất gia tu hành khổ hạnh tại Yên Tử, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà. Khi lên tu tại am Tử Tiêu trên ngọn núi Tử Tiêu, Ngài xưng là Trúc Lâm Đại Sĩ.

Tại đây, Ngài đã sáng lập thiền phái Trúc Lâm, dòng thiền Phật giáo mang đậm bản sắc Việt Nam.

Sau thời gian tu hành khổ hạnh tại Yên Tử, Ngài xuống núi, đi khắp xóm làng, dậy dân chúng phá bỏ dâm từ, thực hành thập thiện và ban thuốc chữa bệnh cho dân nghèo.

Tháng 5 năm 1307, Trúc Lâm Đại sĩ lên tu tại một am nhỏ trên đỉnh Ngọa Vân - một đỉnh cao quanh năm mây phủ nằm trên núi Bảo Đài.

Ngài nhập diệt vào ngày 1-11-Mậu Thân (1308), trụ thế 51 năm, tại am Ngọa Vân - Đông Triều (Quảng Ninh). Xá-lợi của ngài thờ ở Lăng Quý Đức phủ Long Hưng (Thái Bình) và chùa Vân Yên - Yên Tử (Quảng Ninh), lấy hiệu là Huệ Quang kim tháp, sau đó được hậu thế dâng thánh hiệu là Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tịnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Phật Tổ.

Ngọa Vân chỉ là một am nhỏ có hướng phía Tây Nam, nơi Phật hoàng tu hành và hóa Phật. Sau khi Phật hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn, đệ tử của ngài là thiền sư Pháp Loa đã cho xây dựng, mở rộng khu Ngọa Vân trở thành quần thể rất lớn.

Đến thời Lê Sơ thế kỷ 15, các công trình chùa chiền, am tháp xuống cấp trầm trọng.

Phải đến thời Lê Trung Hưng, Phật giáo hưng thịnh trở lại, chùa chiền, am tháp được các tầng lớp quý tộc quan tâm và tạo dựng khang trang. Nổi bật là năm 1707, Ngọa Vân được trùng tu và mở rộng thành cụm chùa lớn.

Đến thời kỳ chống Pháp, khu vực này bị giặc đánh phá hư hỏng nặng và đổ nát. Sau đó, đến năm 2002, được sự công đức của nhân dân thập phương và chính quyền địa phương, am - chùa Ngọa Vân thượng mới được khôi phục.

Kiến trúc còn lại hiện nay tập trung tại hai cấp nền. Trong đó, cấp nền thấp hơn là sân chùa thượng, có hai tháp được xây dựng bằng đá gạo, đá bán laterit, là tháp Phật Hoàng và tháp Đoan Nghiêm.

Sau khi Phật hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn và hóa Phật, đệ tử đã hỏa thiêu nhục thể của Ngài ngay tại Ngọa Vân.

Theo truyền thuyết kể rằng, khi hỏa thiêu, mây ngũ sắc phủ trên giàn hỏa, Pháp Loa đã tưới nước thơm lên giàn hỏa thiêu, thu được ngọc cốt và hàng nghìn viên xá lỵ của Ngài.

Quần thể am, chùa Ngọa Vân tọa lạc trên dãy Bảo Đài, được bao bọc bởi những ngọn núi xanh mướt, trùng điệp - nơi Phật hoàng Trần nhân tông nhập niết bàn - là nơi tín đồ Phật tử, nhân dân hướng về chiêm bái vùng đất Phật, "thánh địa" Phật giáo Trúc Lâm.