Chùa Am Ngọa Vân được xem là thánh địa của Phật giáo Trúc Lâm, bởi nơi đây được xem là nơi ghi dấu những chặng cuối cùng trong quá trình tu hành cũng như hoá Phật của Đức Vua Phật Hoàng Trần Nhân Tông ở đây.

Hiện nay ngoài những di tích am cổ Ngoạ Vân còn Phật Hoàng Tháp, đây là nơi lưu giữ xá lợi của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Hệ thống di tích ở đây hiện nay đã được GHPGVN tỉnh Quảng Ninh làm chủ đầu tư, trùng tu tôn tạo khang trang tố hảo xưng danh là thành tích của Phật giáo Trúc Lâm. Tổ chức lễ tưởng niệm tại Am Ngoạ Vân chính là nơi Phật Hoàng Trần Nhân Tông thị tịch, đối với truyền thống của Đông Phương nơi Ngài hoá Phật là một trong những nơi được xem là linh thiêng, vì vậy lễ tưởng niệm tại Ngoạ Vân bao giờ cũng tổ chức trước Yên Tử một ngày theo truyền thống tiền nhất của người Phương Đông chúng ta.

Yên Tử như chúng ta được biết là nơi danh thắng nổi tiếng của xứ Đại Việt. Tại đây từ thời xa xưa đã có những vị đạo sĩ nổi tiếng đến đây tu luyện. Đến thời đại nhà Lý thì rất nhiều bậc cao Tăng từ Kinh đô Thăng Long xuống đây tu đạo và sáng lập nên một Sơn Môn Yên Tử nổi tiếng. Tuy nhiên Yên Tử càng nổi tiếng hơn khi đến thời đại nhà Trần, trước đó là Thái Thượng Hoàng Trần Nhân Tông. Đặc biệt vào năm 1299, Thượng Hoàng Trần Nhân Tông, sau khi lãnh đạo quân dân tại Đại Việt đánh thắng quân Mông Nguyên mang lại độc lập hoà bình cho xứ sở lên ngôi Thái Thượng Hoàng. Sau đó vào tháng 11 năm 1299, Ngài đã về Yên Tử chính thức xuất gia tu đạo và sáng lập Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử. Từ đó tới này, Yên Tử được hiện hữu giống như ngọn cờ tạo dựng tông phong của Phật giáo Trúc Lâm, cái nền Phật giáo thống nhất của quốc gia Đại Việt với tư tưởng hoà quang đông của nền Phật giáo thống nhất do Ngài làm giáo chủ.

Sau khi Phật Hoàng Trần Nhân Tông thị tịch các thế hệ tổ sư của Phật giáo Trúc Lâm vẫn lấy Yên Tử làm đại bản doanh, từ đó Yên Tử thành danh sơn, một nơi quy ngưỡng tâm linh của không chỉ của những Phật giáo đồ cả nước mà của tất cả người dân Việt Nam ta. Yên Tử hiện nay vẫn đang chứa đựng trong mình 13 ngôi chùa, hàng trăm am tháp, nơi ghi dấu tích của Phật Hoàng Trần Nhân Tông cũng như các bậc tổ sư tại đây. Đặc biệt có Huệ Quang Kim Tháp, lịch sử ghi nhận đây là nơi lưu giữ xá lợi của Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Yên Tử - được biết đến là chốn tổ dựng nên ngọn cờ tông phong của Phật giáo Trúc Lâm Đại Việt. Trước đó một ngày, vào ngày 30 - Giáo hội thường tổ chức lễ tưởng niệm tại Am Ngoạ Vân, Am Ngoạ Vân toạ lạc tại núi Bảo Đài thuộc cung Đông Triều, Quảng Ninh, đó là quê gốc của nhà Trần. Vào năm 1307, Phật Hoàng Trần Nhân Tông cho tăng nhân lên dựng những cái am bằng tranh và Ngài chính thức lên đó tu hành. Đặc biệt là sau sự kiện ngày 1 tháng 1 năm 1308, sau khi truyền trao ngôi vị tổ Phật giáo Trúc Lâm cho Pháp Loa tôn giả thì Ngài chính thức về Am Ngoạ Vân. Từ đó Ngài ở yên chuyên thiền định và tu hành tại Am Ngoạ Vân. Theo Đại Việt sử ký toàn thư cũng như Tam Tổ Thực Lục ghi rằng vào giờ Tý, ngày mùng 1 tháng 11 năm 1308, Phật Hoàng chính thức nhập diệt tại Am Ngoạ Vân. 

Hiện nay Yên Tử đang được quy hoạch xây dựng để trở thành một danh thăng nổi tiếng của cả nước. Đại lễ tưởng niệm năm nay, Đại lễ chính thức được tổ chức vào chín giờ sáng ngày mùng 1 tháng 11 theo đúng chỉ đạo của TW GHPG, ngoài ra vào tối ngày 30 tháng 10 âm lịch từ 22 giờ đến 1 giờ vào giờ Tý (trong lịch sử giờ Tý là ghi giờ Phật Hoàng Trần Nhân Tông nhập diệt), tại chùa Hoa Yên tổ chức lễ cúng Phật, lễ nhiễu Huệ Quang Kim Tháp cũng như thắp nến để tưởng niệm Phật Hoàng.