Vụ án Lệ Chi Viên xảy ra vào năm Nhâm Tuất (1442) khi vua Lê Thái Tông đi tuần thú miền Đông. Sau khi duyệt võ ở thành Chí Linh, nhà vua về Côn Sơn thăm Nguyễn Trãi. Ngày 4.8 (âm lịch), trên đường về Thăng Long, vua Lê Thái Tông nghỉ tại ly cung Lệ Chi Viên, nay thuộc xã Đại Lai, huyện Gia Bình (Bắc Ninh). Đêm đó, nhà vua đột ngột băng hà. Triều đình đã khép Nguyễn Trãi vào tội sai vợ là Nguyễn Thị Lộ đầu độc giết vua và kết án tru di tam tộc. Ngày 16.8, Nguyễn Trãi và ba họ đã rơi đầu tại pháp trường Thăng Long.

Theo gia phả họ Nguyễn ở Chi Ngãi, phường Cộng Hòa (Chí Linh), Phương Quất (Kinh Môn) và gia phả ở Nhị Khê (Thường Tín, Hà Nội), thì Nguyễn Trãi có 5 bà vợ và 7 người con. Vợ cả là bà Trần Thị Thành sinh được 3 người con là Nguyễn Khuê, Nguyễn Ứng, Nguyễn Phù (tức Nguyễn Hồng Quý hay Hồng Quỳ). Vợ thứ hai họ Phùng (quê ở xã Nguyệt Áng, Thanh Trì, Hà Nội) sinh được 3 người con là Nguyễn Thị Trà, Nguyễn Bản, Nguyễn Tích. Vợ thứ ba là bà Nguyễn Thị Lộ (quê ở Hưng Hà, Thái Bình) không có con. Vợ thứ tư là bà Phạm Thị Mẫn (quê ở làng Nỗ Vệ, Thuỵ Phú, Phú Xuyên, Hà Nội) sinh được 1 người con là Nguyễn Anh Vũ. Vợ thứ năm là bà Lê Thị phu nhân (người làng Chi Ngãi, phường Cộng Hòa, Chí Linh) sinh được 1 người con là Nguyễn Năng Đoán.

Sau vụ án Lệ Chi Viên, nhiều người trong gia đình, họ tộc Nguyễn Trãi đã bị hành hình, có những người lánh nạn trốn án. Căn cứ vào các gia phả, kết hợp với kết quả khảo sát thực tế tại các chi họ Nguyễn, bước đầu xác định nhiều người trong gia đình Nguyễn Trãi còn sống sót. Ngoài một số anh em của Nguyễn Trãi, các gia phả ghi lại còn 2 trong tổng số 5 người vợ của ông thoát nạn là bà Phạm Thị Mẫn và Lê Thị phu nhân.

Theo một số nhà nghiên cứu lịch sử, trong 7 người con của Nguyễn Trãi, còn 3 người con trai và 1 người con gái thoát nạn tru di.

Người đầu tiên là Nguyễn Phù. Sau vụ án Lệ Chi Viên, Nguyễn Phù chạy về Phù Đàm (nay là Phù Khê, Từ Sơn, Bắc Ninh) ẩn tích, sau đó phát triển chi họ Nguyễn ở đó. Trong gia phả “Nguyễn Thị gia kê” viết đời Lê Chính Hòa năm thứ 17 (1698), trong phần dẫn tích trang 2 có ghi: “Họ ta trước ở xã Nhị Khê, huyện Thượng Phúc, phủ Thường Tín, xứ Sơn Nam, sau do gặp đại biến con cháu phải chạy tản mát nhiều nơi. Một chi về sau cư trú ở nguyên quán xã Nhị Khê. Một chi về ở tại xã Phù Đàm, huyện Đông Ngàn, xứ Kinh Bắc”.

Người con thứ 2 của Nguyễn Trãi sống sót là Nguyễn Anh Vũ. Khi vụ án Lệ Chi Viên xảy ra, bà Phạm Thị Mẫn (vợ thứ tư của Nguyễn Trãi) đang mang thai Nguyễn Anh Vũ tháng thứ ba. Bà được người học trò cũ của Nguyễn Trãi là Lê Đạt đưa vào trốn tại xứ Bồn Man (phía tây Thanh Hóa). Sau khi vụ án lắng xuống, bà về thôn Dự Quần, huyện Ngọc Sơn, phủ Tĩnh Gia nương náu, ẩn dật. Tại đây, bà sinh Nguyễn Anh Vũ. Để tránh sự truy sát của triều đình, Nguyễn Anh Vũ được đổi sang họ mẹ là Phạm Anh Vũ. Năm 1464, vua Lê Thánh Tông ban chiếu minh oan cho Nguyễn Trãi, kết thúc vụ án Lệ Chi Viên. Lúc này, Nguyễn Anh Vũ là đại diện duy nhất của gia tộc ra nhận chiếu chỉ của triều đình. Đồng thời, Nguyễn Anh Vũ được vua Lê Thánh Tông phong chức Đồng Tri phủ Tĩnh Gia, cấp cho 100 mẫu ruộng gọi là “miễn hoàn điền” (ruộng không phải trả lại) để con cháu đời đời phụng thờ, hương khói. Nhớ ơn cha ông tổ tiên, Nguyễn Anh Vũ xây dựng mộ Nguyễn Trãi tại làng Dự Quần, lấy ngày mất của Nguyễn Trãi (16.8 âm lịch) là ngày giỗ họ. Sau này, con cháu chuyển lấy ngày mất của Anh Vũ làm ngày giỗ họ.

Nguyễn Anh Vũ lấy 2 bà vợ sinh được 7 người con trai và 1 người con gái. Khi các con phương trưởng, ông cử các con về các nơi để phục hồi lại dòng họ ở Nhị Khê (Hà Nội), Chi Ngãi (Hải Dương), Thuỵ Phú (Phú Xuyên, Hà Nội) và hình thành, phát triển một số chi họ Nguyễn ở Hải Anh (Hải Hậu, Nam Định), Xuân Dục (Mỹ Hào, Hưng Yên), Dự Quần (Xuân Lâm, Tĩnh Gia, Thanh Hóa)...

Người con thứ ba của Nguyễn Trãi sống sót là Nguyễn Năng Đoán. Khi gia đình bị triều đình khép tội tru di, bà Lê Thị phu nhân đang mang thai tháng thứ ba. Bà bỏ chạy về Phương Quất (Kinh Môn), sinh con rồi đặt tên là Nguyễn Năng Đoán. Sau này, Nguyễn Năng Đoán đã phát triển thành nhiều chi họ Nguyễn ở Phương Quất, Quế Lĩnh (Kinh Môn), Triều Bến (Đông Triều, Quảng Ninh)…

Nguyễn Thị Đào là người con thứ tư và cũng là cô con gái duy nhất của Nguyễn Trãi sống sót. Theo công trình nghiên cứu của Trúc Khê về Nguyễn Trãi thì Nguyễn Thị Đào bị câm từ nhỏ. Khi gia biến, các phụ nữ trong nhà bị sung làm thiếp, nàng còn nhỏ và được một hoạn quan đưa về nuôi. Sau khi viên hoạn quan mất, Nguyễn Thị Đào lưu lạc giáo phường tự nhiên nói được, sau vào cung ca hát, được vua Lê Thánh Tông chiếu cố, phong làm Chiêu nghi trong cung.

Như vậy, sau vụ án Lệ Chi Viên năm 1442, nhiều người trong gia tộc Nguyễn Trãi thoát nạn. Nhờ sự che chở và đùm bọc của nhân dân nên những người con của Nguyễn Trãi đã sống sót, tạo dựng cơ nghiệp, sinh ra các đời con cháu. Với ý thức về tông tộc, cội nguồn, họ đã phân các con cháu đi các nơi khởi dựng lại dòng họ, lập từ đường để thờ cúng. Hơn 5 thế kỷ hồi sinh phát triển, dòng họ Nguyễn Trãi hiện đã trở thành một dòng họ lớn có mặt ở nhiều nơi và có nhiều đóng góp.