Viên Thông bảo tháp hiện tọa lạc sau chùa Thanh Mai, xã Hoàng Hoa Thám, TP Chí Linh. Cũng như 3 ngôi tháp đá nổi tiếng của 3 vị Tổ sư Thiền phái Trúc Lâm, Viên Thông bảo tháp được dựng dưới thời Trần bằng gạch nung và được thiền sư Như Trác dựng lại bằng đá vào năm 1715.

Năm 1330, sau khi đem áo cà sa và kệ tả tâm giao lại cho thiền sư Huyền Quang, Thiền sư Pháp Loa viên tịch ở Viện Quỳnh Lâm, hưởng dương 47 tuổi. Môn nhân đệ tử khâm liệm di hài vào quan tài, đưa xe tang lên núi Thanh Mai, trân trọng đặt vào nơi sinh thời thiền sư đã chọn. Thượng hoàng Trần Minh Tông ngự bút gia phong tên hiệu cho sư là Tĩnh Trí tôn giả, ban 10 lượng vàng để xây dựng tháp và đặt tên là Viên Thông bảo tháp. Trước đó, do linh cảm không thể trụ thế lâu dài được, thiền sư đã chọn đệ tử là Hoàng Tế và Huyền Giác chuẩn bị tháp mộ ở núi Thanh Mai nhân lần mở mang cảnh trí năm 1329.

Thiền sư Pháp Loa - Nhị tổ của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử

Theo bi ký Thanh Mai Viên thông tháp bi, thiền sư Pháp Loa có tục danh là Đồng Kiên Cương, sinh năm 1284. Cha ngài là Đồng Mỗ Thích, mẹ là Vũ Từ Cứu. Năm 1304, ông được Phật hoàng Trần Nhân Tông (vị Tổ thứ nhất của Thiền phái Trúc Lâm) cho theo làm đệ tử, xuất gia tu hành ở Côn Sơn. Năm sau được ban hiệu Pháp Loa. Đúng ngày đầu Tết Nguyên Đán năm 1308, Phật Hoàng Trần Nhân Tông giao kế thế trụ trì làm Tổ thứ hai của Thiền phái Trúc Lâm.

Theo bi ký trùng tu Trúc Lâm đệ nhị tổ tháp (năm 1718), trải qua gần 400 năm “nắng lắm mưa nhiều, tháp gạch nhiều lần bị đổ nát” nên trụ trì chùa lúc bấy giờ là thiền sư Như Trác mong muốn “tháp quý được tôn nghiêm và tồn tại lâu dài”, đã rất "cung kính và thầm cảm kích" nhân dân địa phương xin hưng công trùng tu bảo tháp, lấy đá thay tháp gạch xưa.

Người dân địa phương đồng tâm hiệp lực khiêng đá về, khuyến khích các quan viên và nhân dân thập phương đóng góp công đức. Thời điểm ấy, lòng người hướng thiện, kẻ ít người nhiều, góp tiền góp của cúng vào cửa thiền. Thầy trò không tiếc công đức cùng nhân dân khiêng kéo đá từ trên núi về. Trải qua hơn 1 năm tu tạo, đến tháng 11 năm Ất Mùi (1715) thì tái tạo hoàn toàn Viên Thông bảo tháp. Nhìn vào bảo tháp trang nghiêm, nền móng vững chãi, như trường tồn cùng trời đất.

Tháp ở độ cao khoảng 250 m, có thế dựa vào núi Phật Tích và hướng ra một thung lũng sâu giữa đại ngàn. Không giống như tháp Đăng Minh, tháp Huệ Quang được xây bằng đá phiến xanh, Viên Thông bảo tháp được xây bằng các viên đá núi Thanh Mai - đá ráp màu nâu xám với kết cấu 3 tầng.

Đế tháp hình vuông, mỗi cạnh dài 3,29 m, cao 1,1 m, được ghép bằng đá, chạm khắc hình cánh sen. Đế tháp như một đài sen đỡ lấy khám thờ. Tầng một gắn liền với đế tháp tạo thành một khối hoàn chỉnh. Phía trên là khám thờ, cửa khám cao 0,75 m, rộng 0,65 m, đặt tượng đá Pháp Loa tôn giả, nhang án bằng đá và bát hương. Nhang án trang trí hoa cúc, hoa sen, rồng chầu mặt nhật. Hai tầng trên là đá trơn, thu nhỏ dần đến mái. Mặt tầng ba được khắc 4 chữ Viên Thông bảo tháp (圓 通 寶 塔). Trên chóp tháp đặt bình cam lồ. Phía sau tháp có tấm bia đá, tên Trúc Lâm đệ nhị tổ tháp, khắc trên phiến đá xanh khổ 1,1 x 0,65 m vào năm 1718. Xung quanh tháp có nhiều cây đại, cây quéo, cây phong hương cổ thụ.

Tháng 12 năm 1979, cán bộ Bảo tàng Hải Dương là ông Tăng Bá Hoành đã phát hiện ra tấm bia cổ thời Trần, được dựng vào lần đầu xây tháp là bia Thanh Mai viên thông tháp bi.

Năm 1994, sư thầy Thích Chí Trung mới 20 tuổi, đã vượt núi, băng rừng đến trụ trì chùa trong bối cảnh chùa tháp đã bao năm hoang tàn, đổ nát hết. Mùa thu năm 1998 để mở đầu cho nỗ lực và quá trình khôi phục chùa tháp, sư thầy đã kết hợp cùng với Bảo tàng tỉnh Hải Dương tổ chức khai quật toàn bộ khu vực quanh tháp, thu lượm những viên đá, hiện vật đã đổ xuống, bổ sung những viên đá đã mất và được thợ đá Ninh Bình lắp ghép, xây dựng lại ngôi tháp như hiện nay.