Ngày 11/6/1963, Hòa thượng Thích Quảng Đức thể hiện sự phản đối đầy bi phẫn bằng việc tẩm xăng tự thiêu ngay giữa một giao lộ đông đúc ở Sài Gòn.

Một sáng mùa hè năm 1963, tổng thống Mỹ Kennedy đang nói chuyện với bộ trưởng tư pháp, trên tay cầm tờ báo. Chợt ông thốt lên: "Ôi lạy Chúa!", Ông vừa thấy bức ảnh một hòa thượng ngồi xếp bằng tự thiêu giữa đống lửa rừng rực.Vụ việc diễn ra trong bối cảnh căng thẳng sục sôi giữa Phật giáo miền Nam và chính quyền Ngô Đình Diệm, một người theo Công giáo và bị cho là có những hành động đàn áp Phật giáo.

Sự kiện này có thể đã không được cả thế giới biết tới nếu không nhờ ký giả Malcolm Browne của hãng tin AP. Anh là phóng viên phương Tây duy nhất ghi lại quá trình tự thiêu của bồ tát Thích Quảng Đức. Bức ảnh được trao giải Pulitzer năm 1964. Sau này Kennedy nhận xét: "Không một bức ảnh báo chí nào trong lịch sử lại gây nên xúc cảm mạnh mẽ trên khắp thế giới như tấm ảnh này".

Sau đó, thi thể của ông được thỉnh về chùa Xá Lợi làm tang lễ. Theo nhiều nhân chứng, sau khi nhục thân biến thành tro thì quả tim vẫn còn, trở thành một khối rắn như đá với hình dáng nguyên vẹn một cách lạ thường.

Trái tim được gìn giữ ở chùa Xá Lợi, rồi tôn thờ tại Việt Nam Quốc Tự, sau đó được gởi vào Ngân hàng Pháp tại Sài Gòn và nay là chi nhánh phía Nam của Ngân hàng Nhà nước.

Cũng trong năm đó Việt Nam Quốc Tự bắt đầu được xây dựng. Sau năm 1975, ngôi chùa bị thu hẹp còn 3.700 m2, nhường đất cho các công trình khác.

Đến năm 2014, chính quyền TP HCM đã thu hồi và bàn giao hơn 7.200 m2 kế bên để xây dựng chánh điện và các hạng mục công trình. Các hạng mục công trình có quy mô 5 tầng và bảo tháp với kinh phí xây dựng hơn 200 tỷ đồng.