Tất cả đều được ghi trong Khóa hư lục - một tác phẩm Phật học quan trọng do Trần Thái Tông viết vào thời gian ông làm Thái Thượng hoàng. Vấn đề này đã được bàn đến trong ấn phẩm Vương triều Trần (1226-1400) và Danh nhân Thăng Long - Hà Nội - những công trình quý giá thuộc tủ sách Thăng Long ngàn năm văn hiến.

Những biến đổi trong đời sống kinh tế, chính trị, xã hội cuối thời Lý - đầu thời Trần đã làm nảy sinh một đòi hỏi là cần phải có sự thống nhất về mặt chính trị - xã hội; và tương ứng với đó là sự biến đổi và thống nhất về mặt tư tưởng. Nếu trọng trách thứ nhất do Trần Thủ Độ đảm nhiệm, thì trọng trách thứ hai do Trần Thái Tông đứng ra gánh vác. Đây cũng chính là lý do khiến cho đến thời Trần, cả ba thiền phái thời Lý là Tỳ Ni Đa Lưu Chi, Vô Ngôn Thông và Thảo Đường gần như biến mất và cùng với đó, học thuyết Không hư của Trần Thái Tông với Khóa hư lục nổi tiếng ra đời. Đó là một học thuyết tương đối hoàn chỉnh và chặt chẽ, bao gồm cả bản thể luận, nhận thức luận và triết lý đạo đức - nhân sinh; là sự tổng hợp, dung hòa các yếu tố Thiền, Tịnh, Nho và Lão, trên cơ sở nòng cốt là Thiền, tạo nên một bước phát triển mới cho thiền học Việt Nam.

Tư tưởng thiền học của Thiền sư Chân Nguyên Tuệ Đăng trong tác phẩm Thiền tịch phú

Khóa hư lục có nghĩa là ghi chép quá trình tu luyện đạo Phật theo tinh thần kiên trì học tập nhưng không cố chấp để bị trói buộc bởi những giáo điều nhằm đạt tới sự chứng ngộ hoàn toàn tự do: “Phật cũng không mà Tổ cũng không, không cần trí giới, không cần niệm kinh...” đó chính là tinh thần Phật giáo nhập thế của Trần Thái Tông. Nội dung cốt lõi của tư tưởng thiền học Trần Thái Tông được ông nói rõ ở bài Tọa thiền luận (Bàn về ngồi thiền) đó là: Người học đạo chỉ cần kiến tính. “Kiến tính” là thấy tính. Tính là Tâm, là Phật. Xuất phát từ từ tư tưởng “kiến tính thành phật” để đi tìm chân lý.  Trên tinh thần tổng hợp các thiền phái trước đó, Trần Thái Tông còn đưa ra một phương pháp hành thiền khác, đó là sự kết hợp giữa trì giới, niệm Phật, tọa thiền với sám hối theo pháp môn tiệm ngộ. Bước đầu tiên trên đường tu tập, hành giả phải thực hiện trì giới theo trình tự tam học. Tiếp nối truyền thống của các thiền sư thời Lý, Trần Thái Tông đã nhấn mạnh vai trò của niệm Phật trong Tịnh độ giáo trong việc tu tập thiền định.

Như vậy, theo Trần Thái Tông, mục đích của người tu Phật là giác ngộ, mà sự giác ngộ chủ yếu là do chủ quan quyết định, muốn giải thoát phải tìm nguyên nhân từ chính trong tâm của mỗi người. Bởi vì Phật tính ở trong tâm ta. Điều cốt yếu nhất là phải thấy được Phật tính, thông qua con mắt tuệ để nắm chọn lấy chân lý đó. Khi đó mỗi người mới có được ánh sáng trí tuệ cao nhất, hiểu được như vậy thì mọi trói buộc của con người không còn là mối bận lòng.

Tư tưởng thiền học trong kinh Kim Cang

Điểm đặc biệt trong quan điểm thiền của Trần Thái Tông là ông đã đưa ra một cách giải thích mới về thiền. Ông đã chia thiền ra thành tứ thiền, đó là: “Loại thứ nhất, dùng kế lạ làm vui người trên, làm chán kẻ dưới mà tu hành, đó là ngoại đạo thiền. Loại thứ hai, hết lòng tin ở nhân quả, nhưng cũng lấy việc làm vui, gây chán mà tu thì đó là phường phàm phu thiền. Loại thứ ba, hiểu rõ cái lẽ cuộc sống là không, chứng riêng được đạo chân chính mà tu hành, thì đó là tiểu giáo thiền. Loại thứ tư, hiểu rõ người và pháp đều không mà tu hành, đó là đại giáo thiền”. Điều này thể hiện ý nguyện của Trần Thái Tông muốn cho tư tưởng triết học của mình được đông đảo người bình dân Việt Nam tiếp nhận. Ông đã hết lòng chuyên tâm xây dựng nên một hệ thống tập luyện mới, lấy sám hối làm phương tiện để tẩy rửa hết mọi dơ bẩn trong tâm của con người. Hệ thống tập luyện đặc sắc này có tên là Lục thì sám hối khóa nghi.

Nét đặc biệt trong tư tưởng thiền học Trần Thái Tông là ông đã giải quyết được mối quan hệ giữa tiếng gọi của nhà Phật với trách nhiệm đối với quốc gia. Ông đã hài hòa giữa đạo và đời. Sự kết hợp hài hòa, nhuần nhuyễn giữa tư tưởng Phật giáo với chủ nghĩa yêu nước trong tư tưởng thiền học Trần Thái Tông đã tạo nên nét độc đáo về tinh thần nhập thế, đem đạo vào đời để cứu dân độ thế; chứng tỏ Phật giáo đã hoàn thành xuất sắc vai trò chủ thể trong nguồn lực nội sinh tiềm tàng của văn hóa dân tộc thời đại nhà Trần trước mọi gian nguy, thử thách khắc nghiệt vẫn tỏ rõ bản lĩnh, cốt cách vững chãi của mình. Trong học thuyết của mình, Trần Thái Tông không dừng lại ở lý thuyết suông, tư biện, mà vượt lên đó, ông đã đem thể nghiệm những nguyên tắc ấy vào chính công cuộc an dân trị nước của mình.