Sau khi Phật Thích Ca diệt độ 800 năm, có Bồ Tát Long Mãnh ra đời, xây tháp sắt ở Nam Thiên được Kim Cang Tát Đỏa trao truyền Mật pháp mà thành tổ thứ 3, rồi truyền cho tổ thứ 4 là Long Trí. Long Trí sống thọ 700 tuổi, truyền Mật pháp cho Kim Cương Trí, vào năm Khai nguyên đời Đường Huyền Tôn ở Trung Quốc. Kim Cương Trí là một trong ba cao tăng Mật giáo đến Trung Quốc trong năm đó.  Vì vậy, Mật giáo không phải là do Phật Thích Ca nói ra, mà là do pháp thân của Phật trao truyền trực tiếp. Vì pháp thân của Phật không thuyết pháp, cho nên gọi là Mật pháp, hay là "Tâm pháp căn bản" hay là "Đại pháp vô thượng". Mật pháp không thể nào do phàm phu truyền thừa được. Người truyền thừa Mật pháp gọi là Thượng sư Kim Cương.

Nhưng xét về lịch sử Phật giáo thì Mật giáo bắt nguồn từ tín ngưỡng dân gian Ấn Độ, và cuối cùng phát triển thành Mật giáo hay Mật thừa vào thời kỳ phát triển cuối cùng của Phật giáo đại thừa ở Ấn Độ. Mật giáo lấy tư tưởng và lý luận của Phật giáo đại thừa làm nền tảng, và tiếp thu một số quan điểm và phép tu của Ấn Độ giáo.

Mật giáo chia thành Tạp mật, Sự mật, Du già mật và Vô thượng du già mật. Tạp mật giống như tín ngưỡng dân gian. Sự mật thì được tổ chức hóa bước đầu. Du già mật giống như Thiền định Phật giáo. Còn Vô thượng du già mật là do kết hợp với phái tinh lực của Ấn Độ giáo đương thời mà thành. Cái gọi là Tinh lực tức là nam nữ giao cấu. Hai thân nam nữ cùng tu tập, kết hợp một cách viên mãn trí tuệ và phương tiện. Nữ tính đại biểu cho trí tuệ, nam tính đại biểu cho phương tiện. Tư tưởng này cũng phù hợp với "thuật trong phòng của Đại gia Trung Quốc", cũng gọi là "ngự nữ thuật" (tức là thuật ngự trị phụ nữ) nhưng đó không phải là phương pháp tu hành căn bản của Phật giáo. Phật giáo lấy ly dục làm căn bản. "Phép Vô thượng du già mật" là muốn thông qua giao hợp nam nữ để đạt tới mục đích giải thoát. Vì vậy mà sau này ở Tây Tạng, giáo phái hoàng giáo của Thông sa pa (Tôn Lặc Ba) tiến hành cải cách, cấm chỉ không được lấy việc giao hợp nam nữ làm phương pháp tu hành. Nhưng các giáo phái khác ở Tây Tạng vẫn cứ dùng như thế để hợp lý hóa : đầu tiên thì luyện khí, luyện mạch, minh điểm sau đó mới thực hành phương pháp nam nữ song tu.

Mật giáo vốn hình thành trong bối cảnh xã hội của Ấn Độ lúc bấy giờ, và sau đó trong hoàn cảnh Tây Tạng. Chúng ta không thể nói Mật giáo của Tây Tạng không phải là Phật giáo. Ngoài phần "Vô thượng du già mật" ra, giáo lý và phương pháp tu hành của Phật pháp Tây Tạng được tổ chức chặt chẽ nghiêm minh, thứ bậc rõ ràng, đặc biệt về mặt giáo lý, họ lấy Trung quán làm căn bản, lấy Du già làm hỗ trợ. Đó là điều chưa từng thấy ở Trung Quốc, công tác giáo dục và huấn luyện tăng ni của họ được tổ chức chu đáo, có hệ thống, có thứ bậc, do vậy mà tạo ra được tín tâm và pháp môn tu hành nhất định. Thế nhưng ở Mông Cổ và Tây Tạng, những vị gọi là Phật sống chưa hẳn là người có học vấn và tu chứng.

Các bậc gọi là thượng sư Mật giáo phải là những bậc được truyền thừa Mật pháp hoặc trực tiếp từ Ngài Kim Cang Tát Đỏa, hay là từ pháp thân của Phật không ai được tự xưng là thượng sư. Thượng sư phải là người có tu chứng, và sự tu chứng đó phải được người thầy dạy trực tiếp của mình xác định, đảm bảo mới được. Không thể có người biết một vài câu thần chú, thi thố vài chuyện linh dị tự xưng Thượng sư. Thế nhưng, dần dần có những người tự ý cao rao là mình được Phật và Bồ Tát khai thị, và tự xưng là Thượng sư. Tuy nhiên số người mạo xưng như vậy rất là ít, vì ở Tây Tạng, kỷ luật tu hành rất nghiêm, trường hợp mạo nhân là Thượng sư rất dễ bị vạch trần.

Ở Tây Tạng, lúc ban đầu truyền thừa Mật giáo lại là người tại gia. Như Đại sĩ Liên Hoa là vị tổ sư lập ra pháp Hồng giáo. Theo truyền thuyết, ông có vợ, con. Về sau các vị Lạt Ma và thượng sư của Hồng giáo đều có vợ, con. Đó là đặc sắc của Hồng giáo Tây Tạng. Người Phật tử Tây Tạng thọ bốn quy y, tức là quy y Phật, Pháp, Tăng và Thượng sư. Tam Bảo không phải là trọng yếu. Thượng sư mới là trung tâm của tín ngưỡng. Thượng sư đại biểu cho báo thân của Phật. Nếu không thông qua Thượng sư thì không có cách gì tiếp thu được Phật pháp. Tuy đó là lý luận của Mật giáo nhưng hiển giáo không thừa nhận vì không phù hợp với tinh thần bình đẳng của đạo Phật.

Ở Tây Tạng, có những thượng sư là nữ, có người nói, nếu thượng sư là nữ, mà đệ tử là nam, mà tu pháp Vô thượng du già mật, thì nữ thượng sư thường mượn cớ thuyết pháp, mà cùng với nam đệ tử quan hệ tình dục lu bù.

Như trên đã nói phép nam nữ cùng tu hành và thông dâm không phải là Phật pháp, không phải là pháp thanh tịnh. Đối với xã hội chúng ta là điều nên cấm chỉ. Ngày xưa đạo sĩ tu "thuật trong phòng" tất nhiên phải có hộ pháp ở ngoài phòng, phải là người có tiền và có thế, người đạo sĩ bình thường không làm được, nếu không thì dâm loạn lan tràn gây bao điều bất hạnh cho xã hội. Tuy rằng bọn họ đều không cho là dâm loạn, đạt đến mục đích thân tâm thống nhất, chứ không phải thỏa mãn và khoái lạc xác thịt. Thế nhưng, ở Trung Hoa chưa bao giờ công nhận phép tu Vô thượng du già của Mật giáo là phương pháp tu trì quang minh chính thống cả. Hơn nữa, cái gọi là thống nhất cũng chỉ là thống nhất tạm thời, tạm quên các tự ngã và tiểu ngã, không đạt đến trình độ giải trừ phiền não và tất nhiên không được giải thoát hay là thành Phật.

Nội dung cái gọi là tức thân thành Phật thì Tông Thiên Thai cũng nói đến tức thân thành Phật. Nhờ học Phật, biết mình là Phật, đó là danh tự tức Phật. Bắt đầu tu hành đó là quán hạnh tức Phật. Cho nên thuyết Mật giáo tức thân thành Phật cũng không có gì là lạ. Nếu mới bắt đầu tu Mật giáo, mới giác ngộ đôi chút có thể là cứu kính Phật thì ngay trong Mật giáo cũng không chấp nhận. Nếu quả Phật như vậy thì nhiều nhất chỉ là thứ bậc quán hạnh tức Phật mà thôi. Ngay Ngài Đạt-Lai-Lạt-Ma cũng không tự xưng mình là cứu cánh Phật. Đối với Mật giáo các vấn đề khí mạch, điểm sáng đều hết sức trọng yếu. Đó là yêu cầu chung của phép Du già Ấn Độ. Tu định thì thân thể phải khỏe mạnh, dùng phương pháp ngồi thiền và quán tướng, để làm cho khí mạch trong người đều thông suốt, đó cũng là hiện tượng chung cho đạo Phật và các ngoại đạo. Cái gọi là điểm sáng giống như đạo gia nói hoàn tinh bổ huyết, và hoàn tinh bổ não có chỗ giống nhau. Nhờ có tinh lực dồi dào mà khí được tập trung, thần sắc nhàn nhã, đầu não minh mẫn, thân tâm nhẹ nhàng. Người tu thiền theo Hiển giáo, tuy không tu luyện những đạo thuật như vậy nhưng cũng đạt tới tình trạng tương tự.

Phép tu Mật giáo chú trọng đến luyện thân thể, đến cái gọi là tức thân thành Phật, cũng như nhà đạo gia nói mọc cánh thành tiên, hay là bay bổng lên trời, nghĩa là lấy làm mục đích tu luyện sự chuyển biến nơi thân thể. Nhưng theo quan điểm căn bản của Phật pháp thì sắc thân chỉ là 5 uẩn giả mà thành nên gọi là Pháp Vô thường, mà vô thường thì phải được giải thoát. Nếu chấp trước cái thân vô thường làm mục đích cứu kính của sự tu hành thì vẫn trong vòng sống chết không thoát ra được ba cõi. Vì vậy, thiền tông gọi những người luyện theo môn này là quỷ giữ thây, dù rằng có truyền thuyết Ngài Long Trí sống đến 700 tuổi, và ông Trần Đoàn đạo sĩ lão giáo ở Trung Quốc sống đến 800 tuổi, nhưng cả hai cuối cùng không thoát khỏi cái chết. Vì vậy, Phật giáo tuy không phủ định tác dụng của khí mạch, và điểm sáng thế nhưng không khẳng định chúng là quan trọng. Còn vấn đề các Lạt-Ma Tây Tạng và tăng sĩ thuộc thượng tọa bộ nam phương ăn mặn, ăn thịt thì do hoàn cảnh xã hội và địa lý tự nhiên, chúng ta không nên phê phán. Các vị Lạt-Ma Tây Tạng tất nhiên biết rõ ý nghĩa từ bi của đạo Phật, không nên ăn thịt chúng sinh, thế nhưng vì những nguyên nhân, như sinh tồn và thích ứng với hoàn cảnh, họ nêu ra nhiều lý do tựa hồ như đúng mà thực ra thì sai lầm. Như nói, ăn thịt chúng sinh là để kết duyên với chúng sinh, đặc biệt nếu được bậc đắc đạo ăn thịt, thì có thể chuyển thân chúng sinh thành ra thân Phật, thân Bồ Tát, chuyển nhục thân của chúng sinh thành nhục thân của bậc tu hành đắc đạo. Họ lại nói lấy sức mạnh của thần chú nguyện cho chúng sinh bị ăn thịt được an lạc khỏi khổ, thế nhưng đó chỉ là lý thuyết, số người tu hành đắc đạo cũng không nhiều. Tất nhiên, nếu theo quan điểm của Mật giáo, đối với bậc tu hành đắc đạo, ăn thịt hay không ăn thịt không thành vấn đề.

Người tu hành ăn thịt lúc chết hỏa thiêu vẫn có ngọc xá lợi. Vấn đề này có quan hệ đến việc ăn thịt hay không ăn thịt, có quan hệ gì đến việc giải thoát. Nói chung, những người tu định, tu tuệ khi chết, thì mới có xá lợi, bản thân xá lợi là sự ngừng kết hay kết tinh mà thành. Nó có một ý nghĩa thần thánh hay thần bí nào đó cho nên được các Phật tử coi trọng, nhưng không phải việc lớn.

Chỉ có giải thoát khỏi sinh tử mới là việc lớn. Xá lợi là phần còn lại của sắc thân nó cũng vô thường như sắc thân vậy. Vì vậy sau khi Phật diệt độ tôn giả Đại Ca Diếp triệu tập 500 vị đại A la hán để kết tập kinh và luận về xá lợi pháp thân của Phật. Còn xá lợi nhục thân của Phật thì để cho các đệ tử tại gia chia phần với nhau. Như vậy, xá lợi nhục thân của Phật, ngay từ đầu được các đệ tử phàm phu hết sức coi trọng, nhưng đối với các đệ tử thánh chúng, thì đó là chuyện bình thường.