Yếu chỉ của tam muội trong pháp môn niệm Phật là sự "lắng nghe" chứ không cốt niệm cho nhiều mà tâm chẳng rõ. Lắng nghe càng rõ sức tam muội càng tự tập trung, tự thanh tịnh. Thanh tịnh càng rõ ràng càng tăng trưởng trí tuệ. Tam muội cũng gọi là nhất tâm, cũng có nghĩa là chánh định. Chánh định trong niệm Phật đã gồm chánh kiến, chánh niệm, chánh nghiệp, chánh mạng, chánh ngữ, chánh tinh tấn, kể cả chánh tư duy trong Bát chánh đạo. Đặc biệt, niệm Phật tam muội bao trùm các căn cơ, trình độ nào tu cũng được, hoàn cảnh nào áp dụng cũng được.

Bậc thượng trí xuyên suốt kinh giáo, càng nên niệm Phật tam muội để dễ bề bao quát và tiến sâu vào thể tánh. Bởi một câu Phật hiệu nếu áp dụng đúng cách vẫn thẩm thấu từ căn tướng đến thể tánh. Và pháp môn niệm Phật là chánh giáo, chánh lý, chánh hướng cho tâm chánh giác trong bất cứ pháp tu nào thuộc đề mục ngoài tâm.

Thời đại mạt pháp, người Phật tử tại gia nên gắn bó với một câu Phật hiệu, tùy theo tình cảm của mình về một Đức Phật, một vị Bồ tát, hoặc một vị A la hán nào mà mình cảm thấy gần gũi và kính thương nhất. Cứ một câu theo danh hiệu như Nam mô Bổn Sư Thích Ca Mâu Ni Phật, hay Nam mô A Di Đà Phật...Nếu là pháp môn thì chỉ nên áp dụng một câu gọi là "một niệm muôn đời, muôn đời một niệm". Cứ vậy, thọ niệm không ngừng nghỉ. Niệm đến thành Phật cũng cứ niệm. Bởi trong đó đã cụ túc Phật pháp.

Niệm Phật đã vào tam muội (nhất tâm) thì tâm tự niệm tự giác (rõ ràng) tự thanh tịnh. Thanh tịnh trong tam muội thường tăng sanh phỉ lạc vấn đề nên lưu tâm; dù phỉ lạc tràn đầy cũng đừng nên tham đắm. Nếu tham đắm vào phỉ lạc sẽ làm cho tâm quên dần sự rõ ràng, sẽ làm cho câu niệm Phật chìm loãng, tan dứt lúc nào cũng chẳng hay. Hơn thế, trong tam muội thường xảy ra các loại ánh sáng, các thần giao, các cảnh giới rực rỡ tốt đẹp Ẩ Hành giả niệm Phật hãy để các thứ này xảy ra và tan mất tự nhiên; chúng chỉ là kết quả của tam muội, những ảo ảnh tốt chứ không phải chân giác ngộ giải thoát.

Mục đích của niệm Phật tam muội là minh tâm kiến tánh. Tâm tánh có căn bản là bất sanh bất diệt, cũng gọi là Pháp thân, Bản lai diện mục, Niết bàn.

Niệm Phật tam muội không chủ ý niệm cho nhiều trong một lúc một thời nào đó, nhưng lại chuyên, phải thường niệm để đánh bại tạp niệm, để không quên tâm chánh niệm trong bốn oai nghi đi, đứng, nằm, ngồi, trong sinh hoạt, làm việc và trong tất cả hành vi của đời sống lắng nghe rõ ràng từng niệm, từng câu.

Để thực hành niệm Phật tam muội, hành giả nên niệm từ một đến bảy câu thì xả. Một lần xả là coi như mới bắt đầu lại; chú tâm vào câu thứ nhất cho rõ ràng rành mạch, liên tục đến câu thứ bảy lại xả. Chỉ niệm trong bảy câu thì hành giả dễ lắng nghe và quán xuyến trọn vẹn từng tiếng, từng câu trong tâm. Từ một đến bảy câu là coi như một "quá trình thành tựu".

Nếu có điều kiện, môi trường thì nên tổ chức nhập thất, tối thiểu là bảy ngày, nhiều thì một tháng, ba tháng, một năm, ba năm. Muốn nhập thất niệm Phật có kết quả thì phải chuẩn bị tinh thần, điều kiện thuận, có thầy hướng dẫn, có người hộ thất cho, có sự an ninh...Và phải làm lễ phát nguyện trước Tam bảo, trước vị Phật hoặc vị Bồ tát mà mình sẽ niệm danh Ngài. Cầu xin Phật, Bồ tát chứng minh, gia hộ suốt trong thời gian nhập thất. Hết thời gian, xả thất cũng phải làm lễ tạ ơn. Nếu có vị thầy có kinh nghiệm hướng dẫn, chứng minh cho trong suốt thời gian nhập thất thì quá qúy.

Muốn công phu niệm Phật được miên mật trong suốt thời gian nhập thất, thì nên áp dụng vào hai tư thế là tọa niệm và kinh hành. Với tư thế kinh hành thì nên áp dụng mỗi niệm một bước. Bước càng chậm rãi, niệm càng lắng sâu, nghe càng rõ ràng. Hết kinh hành lại tọa niệm, xong tọa niệm đến kinh hành. Hãy chia đều thời gian, kinh hành nửa giờ thì tọa niệm cũng nửa giờ. Không có đồng hồ thì nên thắp một cây hương cho một tư thế. Cháy hết một cây hương là biết giờ công phu của mình.

Điều quan trọng nhất trong niệm Phật tam muội là cái tâm tha thiết nhiệt thành, trân trọng pháp môn, chú tâm lắng nghe cho thật rõ, dù chỉ niệm thầm.

Nếu có được cái tâm tinh tấn, toàn tâm với câu niệm Phật, với sự chuyên cần trong điều kiện nhập thất... thì hành giả sơ tâm niệm Phật cũng chỉ sau một tháng sẽ vào được nhất tâm. Nhưng chớ nên khởi tâm cầu nhất tâm. Bởi nhất tâm không thể do cầu mà được, mà do công phu tinh cần chuyên nhất vào pháp môn.