Ngài họ Tạ (không rõ tên thật), quê ở Trình Hương, phủ Triều Châu, tỉnh Quảng Đông (Trung Quốc), sanh ngày 18 tháng 05 năm Mậu Tý 1648 (theo tài liệu ở chùa Quốc An, Huế và quyển lịch sử Phật Giáo Việt Nam - tài liệu ở chùa Thập Tháp Di Đà lại ghi Ngài sinh năm Bính Tý 1636 - theo sách Thiền Sư Việt Nam của HT Thích Thanh Từ thì Ngài sinh năm 1649). Tổ sư xuất gia ở Chùa Báo Tư  vào năm 1667 (19 tuổi) và học đạo với thiền sư Đạo Mân – Mộc Trần, được ban pháp danh là Nguyên Thiều, pháp tự Hoán Bích, pháp hiệu Thọ Tông thuộc phái Lâm Tế đời thứ 33.

Tổ sư còn có pháp danh là Siêu Bạch vì Tổ còn quy y với thiền sư Khoáng Viên – Bổn Quả (còn có tên Hành Quả) nên được cho pháp danh Siêu Bạch. Như vậy, Tổ cũng thuộc dòng Lâm Tế do Tổ Sư Nghĩa Huyền lập ra, đến đời thứ 21 thì Tổ sư Vạn Phong Thời Uy ở chùa Thiên Đồng biệt xuất một dòng kệ như sau:

Tổ đạo giới định tông

Phương quảng chứng viên thông

Hành “siêu minh thiệt tế”

Liễu đạt ngộ chơn không

Như nhựt quang thường chiếu

Phổ châu lợi ích đồng

Tín hương sanh phúc huệ

Tương kế chấn từ phong

Tổ sư mang hiệu là Siêu Bạch, thuộc về chữ Siêu trong bài kệ trên.

Sau đó, Tổ sư theo đoàn tàu buôn qua Đại Việt (Việt Nam ngày nay) vào năm Đinh Tỵ (1977), trú ở phủ Quy Ninh (thị xã An Nhơn, Bình Định ngày nay) lập chùa Thập Tháp Di Đà làm nơi tu tập và truyền bá đạo Phật.

Sau Tổ sư ra đất Phú Xuân, tỉnh Thuận Hóa lập chùa Hà Trung, thuộc huyện Phú Lộc; rồi lên Xuân Kinh, Huế lập chùa Vĩnh Ân (năm 1689 chúa Nguyễn Phúc Trăn cho đổi tên là chùa Quốc Ân) và xây Tháp Phổ Đồng. Đến năm Chính Hòa thứ 10 (ngày 27/05 năm Kỷ Tỵ, 1689) chúa Ngãi Vương Anh Tông Hoàng Đế Nguyễn Phúc Trăn (1687-1691) đổi hiệu chùa là Quốc An Tự, tên chùa Quốc An có từ đây.

Khoảng năm 1687-1690, Tổ sư phụng mạng Chúa Nguyễn Phúc Trăn trở về Trung Quốc mời các danh Tăng và thỉnh kinh tượng, pháp khí sang Đại Việt. Sau khi về lại Đại Việt, chúa Nguyễn hỗ trợ cho mở Đại giới đàn tại chùa Thiên Mụ, Huế.

Năm 1692, Tổ sư được chúa Nguyễn Phúc Chu (con chúa Nguyễn Phúc Trăn thay cha) cử làm trụ trì chùa Phổ Thành ở làng Hà Trung (hay còn gọi là chùa Hà Trung thuộc xã Vinh Hà, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên Huế).

Vì sao Tổ sư không trụ trì chùa Quốc Ân mà làm trụ trì chùa nhỏ Hà Trung? Có thuyết cho rằng vì Tổ sư không còn được chúa Nguyễn Phúc Chu quý trọng như cha là chúa Nguyễn Phúc Trăn bởi Tổ sư bị nghi ngờ liên quan đến nhóm người đồng hương của Tổ nổi loạn.

Tổ sư tịch vào ngày 19/10 năm Mậu Thân (ngày 20 tháng 11 năm 1728) tại chùa Hà Trung và được đồ chúng lập Tháp Hóa Môn ở Phú Xuân để thờ, thọ 80 tuổi. (theo Việt Nam Phật Giáo Sử Lược của TT Mật Thể)

Có thuyết cho rằng sau đó Tổ sư vào Đồng Nai hành đạo, lập chùa Kim Cang ở Trấn Biên (nay thuộc xã Tân Bình, huyện Vĩnh Cửu, tỉnh Đồng Nai). Sau đó, Tổ tịch tại chùa Kim Cang và được lập tháp tại đây. Từ đó, họ cho rằng tháp ở Huế là tháp vọng. Về việc này, đến nay vẫn chưa có kết luận cuối cùng vì chưa có cuộc nghiên cứu khai quật xác minh.

Khi sắp thị tịch Tổ sư có làm bài kệ:

Tịch tịch kính vô ảnh

Minh minh châu bất dung

Đường đường vật phi vật

Liêu liêu không vật không

Dịch thơ:

Lặng lẽ gương không chiếu bóng

Sáng trưng ngọc chẳng thu hình

Rõ ràng vật không phải vật  

Mênh mông không chẳng là không.

(Nguyễn Lang, Việt Nam Phật giáo Sử luận, tr.590) 

Tháng Tư năm Kỷ Dậu (1729), nhân ngày lễ Phật đản, chúa Nguyễn Phúc Chú ban thụy hiệu cho Tổ sư là Hạnh Đoan Thiền sư và làm bài minh cho khắc vào bia dựng tại tháp ở Huế, tán thán công đức của Tổ.

Các thế hệ sau mang chữ Minh sang Đại Việt có tổ Minh Hải Pháp Bảo, Minh Hoằng Tử Dung…

Tiểu sử của Tổ Nguyên Thiều còn có những thông tin chưa thống nhất, mong rằng Viện Nghiên Cứu Phật giáo Việt Nam và con cháu thuộc dòng thiền Nguyên Thiều nghiên cứu đưa ra kết luận thống nhất về tiểu sử của Tổ. Đó cũng là việc làm báo Tổ ân đức vậy.