Khi đã xuất gia, thầy vẫn đem những kiến thức đã học được để hành thiện, cứu người và không ngừng tiếp tục học tập, nghiên cứu thêm nhiều bài thuốc mới có giá trị.

 Khi được hỏi về cơ duyên đến với nghề thuốc, thầy Thích Huệ Đa chia sẻ: “Quê hương thầy là vùng giải phóng, khi nhìn thấy các y bác sĩ mặc áo blouse trắng cứu chữa cho thương bệnh binh và người dân, thầy thấy rất thích và mong ước khi lớn lên mình cũng được khoác lên người chiếc áo blouse tinh khiết ấy. Ngay từ nhỏ, thầy đã để tâm tìm hiểu các bài thuốc Nam, các phương pháp chữa bệnh cứu người. Nghề y thấm vào máu thầy từ đó.” Một lần vô tình nhìn thấy tấm hình đức Phật Thích Ca, trong tâm hồn thơ ngây của thầy lại dấy lên mơ ước có một ngày mình cũng được như Người. Đó là hai mơ ước lớn nhất theo thầy suốt từ thuở ấu thơ cho đến khi trưởng thành.

Lớn lên, để theo đuổi ước mơ làm thầy thuốc, thầy thi đậu vào Khoa Đông y, Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh. Sau khi tốt nghiệp ra trường, thầy nhận công tác tại bệnh viện Trưng Vương với vai trò một bác sĩ Đông y. Giấc mơ thuở nhỏ của thầy khi còn thơ bé đã trở thành hiện thực, cùng với các đồng nghiệp, thầy tận tụy đem những kiến thức học được hết lòng cứu chữa, phục vụ cho người bệnh. Bệnh viện Trưng Vương là một bệnh viện lớn tại thành phố Hồ Chí Minh, tại đây, cùng với các kiến thức về Đông y, thầy đã tự học hỏi thêm các kiến thức về Tây y để bổ sung thêm kiến thức cho mình, nâng cao nghiệp vụ khám chữa bệnh.

Thầy công tác tại bệnh viện Trưng Vương được hai năm thì song thân đều lần lượt qua đời. Nghĩ rằng đây là thời điểm thích hợp để thực hiện nốt giấc mơ vẫn khắc khoải trong lòng bao nhiêu năm, thầy xin nghỉ việc chính thức xuất gia tu hành. 

Từ đây, bên cạnh việc nghiên cứu về y dược học cổ truyền, tiếp tục khám bệnh cứu người, thầy lại trau dồi thêm kinh kệ, nghiên cứu Phật học, hành trì giới luật để ngày càng tinh tấn trên cả đường đời lẫn đạo pháp. 

Y học giúp chữa lành cho con người ta những nỗi đau về thể xác, có một thân thể khỏe mạnh, còn phật học giúp chữa lành cho con người ta những nỗi đau về tinh thần, cả hai lĩnh vực đều giúp cho con người bớt khổ đau và sống hạnh phúc. May mắn thay, trong con người của Đại đức Thích Huệ Đa tính hợp cả hai con người, người thầy tu và người thầy thuốc nên mỗi khi khám chữa bệnh cho bệnh nhân, ngoài việc bắt mạch, bốc thuốc, chỉ dẫn cho bệnh nhân cách phòng và chữa bệnh theo phương pháp khoa học, thầy vẫn tranh thủ giảng pháp để hướng mọi người đến một cuộc sống lương thiện theo đúng chánh pháp, có thân tâm an nhiên, khỏe mạnh.

Càng tìm hiểu sâu về y dược học dân tộc, thầy càng thêm tự hào về nền y học ngàn năm của dân tộc Việt Nam. Thầy tâm niệm phải đào sâu nghiên cứu kho tàng y dược của Việt Nam, lấy thuốc Nam trị bệnh cho người Việt Nam như lời danh y Tuệ Tĩnh. Phải bảo tồn và phát huy vốn kiến thức y học quý giá của dân tộc, không để bị mai một. Muốn làm được điều đó người thầy thuốc chỉ biết về y học cổ truyền thôi chưa đủ, mà phải thành thạo cả y học hiện đại, lấy y học hiện đại để chứng minh tính ưu việt của y học cổ truyền.

Thầy thân chinh đi đến nhiều vùng miền, vừa để chữa bệnh cứu người, hoằng pháp lợi sinh nhưng cũng học hỏi thêm nhiều kiến thức, bài thuốc hay, vị thuốc quý còn lưu truyền trong dân gian. Nhiều bệnh nhân bị bệnh viện trả về hoặc đã đi khám chữa bệnh nhiều nơi không khỏi may mắn gặp thầy, được thầy bắt mạch, bốc thuốc điều trị đã khỏi bệnh. Có những bệnh nhân là bác sĩ Tây y hoặc có người nhà làm bác sĩ ở các bệnh viện lớn nhưng cũng không chữa khỏi bệnh sau khi tìm đến thầy đã chữa dứt điểm được bệnh tình dai dẳng suốt nhiều năm. Có bệnh nhân và Việt Kiều, sinh sống ở nước ngoài thấy trong người không được khỏe đi xét nghiệm ở bệnh viện nước ngoài không phát hiện ra bệnh, nhưng khi về Việt Nam được thầy diện chẩn và bắt mạch, phát hiện trong người có khối u đã kịp thời chữa trị trước khi bệnh trở nặng …

Nói về sự hiệu nghiệm của các loại thuốc do thầy bào chế, anh Đỗ Văn Tướng, chủ một tiệm in ấn trên đường Phan Văn Hớn chia sẻ: Do tính chất công việc, anh phải ngồi nhiều nên bị đau thần kinh tọa, khi anh chơi thể thao quá sức thì bệnh trở nặng nên rất đau đớn. Anh đã đi nhiều bệnh viện, điều trị cả Đông và Tây y nhưng không có kết quả. Suốt cả năm trời chạy chữa, tốn rất nhiều tiền nhưng bệnh không có dấu hiệu suy giảm, chán nản anh buông xuôi và chấp nhận sống chung với bệnh tật. Cho đến một lần tình cờ thầy Huệ Đa ghé tiệm của anh để in ấn tài liệu, thấy bệnh tình của anh, thầy đã cho anh ba lọ thuốc Tửu Hoạt Lạc Đơn Hoàn do thầy bào chế. Ngay trong ngày đầu tiên dùng thuốc anh đã thấy cơn đau của mình thuyên giảm nhưng vẫn còn nửa tin nửa ngờ. Trong vòng một tháng dùng thuốc, anh cảm thấy bệnh tật của mình dường như đã biến mất khiến anh vô cùng ngỡ ngàng và thán phục y thuật của thầy.

Một bệnh nhân khác là bà Phan Thị Kim Thoa, ngụ tại khu phố 14, phường Bình Hưng Hòa, quận Bình Tân, thành phố Hồ Chí Minh. Bà Thoa phải chạy thận nhân tạo tuần 2 lần tại bệnh viện suốt 6 năm nay, nhân duyên gặp thầy, được thầy bắt mạch phát hiện cô có triệu chứng bất thường trong phổi nên khuyên bà đi chụp X-quang. Nghe lời thầy bà đi chụp X-quang thì phát hiện trong phổi có khối u. Thầy cho cô 6 hũ thuốc để điều trị khối u phổi, Sau khi dùng hết 6 hũ thuốc thầy đưa, kỳ diệu thay sau khi bà đi kiểm tra lại thì khối u trong phổi đã biến mất và một số triệu chứng của bệnh thận cũng được cải thiện. Cả gia đình bà Thoa mỗi người đều bị một bệnh khác nhau và đều dùng thuốc của thầy, chỉ sau một vài liệu trình là bệnh đã thuyên giảm hoặc khỏi hẳn.

Bác sĩ Thoa là một bác sĩ sản nhi hiện đang công tác tại một bệnh viện quốc tế ở Bình Dương, trong gia đình chị có nhiều người là tiến sĩ, bác sĩ bên Tây y. Khi trong gia đình có người bị bệnh tim, từ khi biết được loại thuốc do thầy bào chế chữa bệnh tim mạch từ Nam dược, chị cho người nhà dùng thử, thấy hiệu quả rất tốt nên chị tin tưởng chỉ dùng mỗi thuốc của thầy để điều trị. Loại thuốc bôi ngoài da do thầy bào chế, chị dùng bôi vết mổ cho bệnh nhân thấy rất an toàn, vết thương chóng lành.

Anh Quang Minh, quản lý cấp cao của một công ty bảo hiểm bị tiểu đường đã hơn một năm nay. Anh đã đi khám và điều trị tại một bệnh viện lớn nhưng không khỏi. Chỉ số đường huyết vẫn cao nên anh quyết định chuyển hướng điều trị. Được một người bạn giới thiệu với thầy Huệ Đa, anh dùng thuốc của thầy được 7 ngày thì đường huyết ổn định trở lại, sức khỏe cũng được cải thiện một cách đáng kinh ngạc. Anh cho biết chi phí điều trị của Đông y so với Tây y là rất rẻ, nhiều người kể cả người dân lao động bình thường cũng có thể tự chi trả được. Thuốc dễ uống và không có tác dụng phụ.

Thầy đã tham gia nhiều hội thảo khoa học, trình bày các quan điểm và phát hiện mới của mình trong quá trình điều trị cho bệnh nhân được giới chuyên môn đánh giá cao. Đến nay, thầy đã bào chế thành công hơn 30 bài thuốc đặc trị các bệnh xương khớp, gan, phổi ... Các bài thuốc do thầy bào chế không chỉ dừng lại trong biên giới Việt Nam mà đã theo tay các bệnh nhân vượt biển đến nhiều quốc gia trên thế giới. Trong một chuyến hành hương về đất Phật Ấn Độ, thấy chư tăng tại đây bị bệnh, thầy đã đem các loại thuốc của mình ra để chữa trị và cúng dường. Thấy hiệu quả kỳ diệu từ các loại thuốc do thầy bào chế, một công ty dược của Ấn Độ cũng đã đề nghị được hợp tác cùng thầy để phát triển. Nhiều công ty dược đã ngỏ ý muốn hợp tác cùng thầy để thương mại hóa các công trình nghiên cứu nhưng thầy không nhận lời do không muốn kiếm tiền trên sự khổ đau của người khác. Thầy chỉ muốn đem các nghiên cứu của mình phục vụ cho chúng sinh, giúp đỡ cho các bệnh nhân nghèo bằng chính các loại dược liệu sẵn có của Việt Nam. 

Thầy chia sẻ: Tâm nguyện cuối cùng của thầy là mở được một bệnh viện từ thiện làm một nơi nghỉ dưỡng, rèn luyện sức khỏe và hướng dẫn mọi người tu thiền, học Phật pháp. Thầy mong hữu duyên gặp được những người có Tâm, có Tầm và có Tài để cùng thầy thực hiện ước nguyện này, để thầy có thể tin tưởng trao truyền lại tất cả những sở học của mình trước khi thầy về cõi Phật.