Lễ hội chùa Thầy diễn ra từ mùng 5 đến mùng 7 tháng 3 Âm lịch hàng năm. Vào chính hội, mỗi ngày địa phương đón hàng vạn du khách, nên có tình trạng chen lấn, xô đẩy, móc túi, chèo kéo khách. Khu vực bán hàng lộn xộn trong khu di tích, rác xả đầy lối đi, trong hang Cắc Cớ có tình trạng ép mua cành lộc...

Nhằm từng bước khắc phục tình trạng trên, khôi phục nguyên bản và phát huy những giá trị văn hóa của lễ hội chùa Thầy, những năm gần đây huyện Quốc Oai đã từng bước đổi mới cách quản lý và tổ chức lễ hội. Huyện đã thành lập Ban quản lý Quốc gia đặc biệt chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Phượng Cách, Hoàng Xá, từng bước tiếp quản công tác quản lý di tích, lễ hội theo hướng chuyên trách.

Trưởng phòng VH&TT huyện Quốc Oai Vũ Văn Hán - Trưởng ban Tổ chức lễ hội cho biết: Năm 2018, với phương châm chuyên sâu về tôn vinh giá trị đặc sắc của di sản văn hóa phi vật thể lễ hội chùa Thầy, huyện Quốc Oai chú trọng phục dựng nguyên bản theo sử sách, dân gian các nghi thức tế, rước trong ngày lễ Mục Dục và lễ Tạ Thánh.
Ngoài ra, huyện từng bước đầu tư, khôi phục trang phục tế lễ truyền thống mang dấu ấn đặc trưng của mỗi thôn. Bên cạnh phần lễ, Ban Tổ chức còn quan tâm khôi phục những yếu tố truyền thống về vui chơi, lao động sản xuất của người dân bản xứ trong phần hội. Theo đó, ngoài việc trình diễn múa rối nước đặc sắc, các trò chơi dân gian truyền thống của người dân Sài Sơn như đá cầu, bắt trạch trong chum, bịt mắt bắt dê, vật, bịt mắt đập niêu… Bên cạnh đó, Ban Tổ chức tạo khu vực trình diễn và thực nghiệm các công đoạn làm bánh gai, bánh gio, đây là hai loại bánh đặc sản nổi tiếng của chùa Thầy để du khách chiêm ngưỡng.

Để tạo thuận lợi cho du khách di chuyển, huyện đã sắp xếp lại bãi đỗ xe, phân luồng giao thông, cấm tuyệt đối ô tô đi vào khu vực lễ hội; Giải tỏa lối vào trước cổng chùa, tạo thuận lợi cho đoàn tế, rước của các thôn khi rước Thánh. Một điểm mới trong mùa lễ hội năm nay là Ban Quản lý quyết định không thu phí thắng cảnh trong 3 ngày diễn ra lễ hội và tiến tới không bán vé tại khu danh lam thắng cảnh chùa Thầy, thể hiện sự hiếu khách, luôn chào đón du khách về Quốc Oai.